Политическая деятельность Муравьева в 1820-е гг. постепенно отодвигается на второй план его хозяйственными занятиями. После смерти деда по материнской линии – сенатора Ф. М. Колокольцева, оставившего миллионное состояние, тысяч крепостных и десятки тысяч десятин земли в разных губерниях, – Муравьев с увлечением принимается за управление этим огромным наследством и очень быстро овладевает современными ему экономическими знаниями. В 1823 г. он женится на Александре Григорьевне Чернышевой – одной из самых завидных невест того времени, соединявшей в себе красоту, уникальные душевные качества и богатое приданое. Семья для Муравьева становится таким же серьезным приложением сил, как и политика и экономика. На фоне семейного счастья и успешного ведения огромного хозяйства политическая деятельность начинает все больше тяготить Муравьева. Его либерально-конституционные убеждения остаются неизменными, но тактика тайных обществ, стремящихся к военной революции, его уже не привлекает. Политическая апатия все больше овладевает Муравьевым. Летом 1825 г. он берет продолжительный отпуск и покидает Петербург в намерении замкнуться в семейном кругу и хозяйственной деятельности.
Тем не менее после восстания 14 декабря, которое Муравьев не готовил и не одобрял, он был арестован и осужден по 1-му разряду на смертную казнь. По конфирмации казнь была заменена 20 годам каторги. Вскоре срок заключения был сокращен сначала до 15, а после – до 10 лет. Александра Григорьевна последовала за мужем в Сибирь. Там у них родилась дочь Софья. Вновь обретенный счастливый мир семейной жизни оказался недолгим. В 1832 г. А. Г. Муравьева скончалась в возрасте 28 лет. Воспитание дочери становится главной заботой декабриста. Благодаря помощи матери Муравьев в Сибири не испытывал материальной нужды. В его распоряжении была огромная библиотека, позволявшая ему вести научную деятельность в самых различных сферах: от чтения лекций по военной тактике товарищам по заключению до внедрения агрономических новшеств в сибирское земледелие.
По выходе на поселение в 1837 г. Муравьев избрал местом жительства с. Урик неподалеку от Иркутска. Там жил его двоюродный брат и друг М. С. Лунин. Их связывали не только родственные и дружеские отношения. Очень много общего было во взглядах этих людей и на современное положение России, и на ее историю. Одинаковым образом они оценивали и роль тайных обществ в русской истории. Основным занятием Лунина этих лет была публицистика, направленная на опровержение правительственной пропаганды, искаженно представляющей движение декабристов. Муравьев не только одобрял эту деятельность Лунина, встречающую неодобрение в среде многих их товарищей по сибирской ссылке, но помогал ему своими историческими познаниями. В частности, ему принадлежат обширные комментарии к главному произведению Лунина «Разбору донесения Тайной следственной комиссии».