Утверждения Гордиевского вызвали скептическое отношение других экспертов. Поскольку впервые о шпионской деятельности Пеньковского советским спецслужбам стало известно в декабре 1961 года, и за ним сразу было установлено наружное наблюдение, о чём доложено высшему государственному и военно-политическому руководству СССР, то его связи в этот период были резко ограничены, выезд за границу был для Пеньковского закрыт, и в таких обстоятельствах никто с подозреваемым в шпионаже, хотя и находящимся на свободе высокопоставленным госчиновником, секретами не делился. Подготовка к отправке ракет на Кубу (операция «Анадырь») началась только в 1962 году, когда каждый шаг Пеньковского в Москве уже отслеживался. О том, сколько и каких ракет размещено на Кубе, каковы истинные планы Хрущёва, – Пеньковский никак не мог сообщить на Запад, поскольку на момент доставки ракет находился в госпитале под плотным контролем оперативников, а после выписки вскоре был задержан. В действительности Карибский кризис, который достиг кульминации только за неделю до ареста Пеньковского (все 40 ракет на Кубу доставили к 14 октября 1962 года) был разрешён СССР и США к началу 1963 года на компромиссной основе и за счёт взаимных уступок – СССР вернул ракеты с Кубы, США взамен отказались от вторжения на Кубу, прекратили военно-морскую блокаду Кубы и убрали ракеты из Турции.