Подготовка к штурму Кенигсберга велась одновременно с ликвидацией хейльсбергской группировки врага. Руководили подготовкой войск к штурму командование и штаб Земландской группы войск во главе с командующим группой генералом армии И. X. Баграмяном. В середине марта командование 3-го Белорусского фронта совместно с командованием Земландской группы войск тщательно проанализировали и приняли за основу разработанный командованием группы план штурма Кенигсберга. 16 марта 1945 года Верховному Главнокомандующему было направлено донесение, в котором подробно излагалась обстановка в Восточной Пруссии. Мы еще раз подчеркнули, что с потерей этого укрепленного района дальнейшее упорное сопротивление противника на Земландском полуострове теряет смысл или, по крайней мере, свое значение.
В донесении детально перечислялись все пункты плана предстоящего штурма, задачи 2-й гвардейской, 43-й, 39-й, 5-й, 50-й, 11-й гвардейской армий, назывались все основные средства усиления, направляемые к участию в штурме. Затем излагался план самой операции.
"...Всю операцию... провести в три следующих этапа: первый этап подготовительный. В ходе этого этапа провести мероприятия: а) всесторонне и наиболее полно вскрыть группировку и систему обороны противника, точно определив места огневых точек, фортификационных сооружений и заграждений противника; б) частичными активными действиями подготовить и улучшить исходное положение для войск в предстоящей операции; в) подготовить аэродромы для авиации; г) скрытно вывести и сосредоточить войска 50-й, 5-й и 2-й гвардейской армий; д) доукомплектовать стрелковые дивизии, назначенные для наступления, и довести их численность до 3000 - 3600 человек; е) накопить боеприпасы и довести их до установленных норм; ж) тщательно и всесторонне подготовить весь офицерский состав и войска к выполнению задач в предстоящей операции; з) провести ряд мероприятий по дезориентированию противника; и) в течение последних четырех дней перед началом операции провести авиационное и артиллерийское наступление с целью предварительного разрушения важнейших фортификационных сооружений Кенигсбергского укрепрайона. К этому наступлению привлечь авиационный корпус Ту-2, всю авиацию 3-й и 1-й воздушных армий и артиллерию большой мощности; к) иметь войска в полной готовности для перехода в немедленное наступление на тот случай, если противник в период нашей подготовки начнет эвакуацию своих войск из Кенигсбергского района.
Второй этап - прорыв оборонительной полосы противника, его внешнего обвода и выход войск на рубеж: северной группы - Поерштитен - Моссеннен - ст. Повайен - Клайн Хайдекруг - Наутцвинкель - Иудиттен - Лавскен - Трагхаймер Ротенштайн - Кведнау; южной группы (11-я гвардейская армия) - Шернфлис Шпайхерсдорф - Понарт - Хавштром. Продолжительность этапа - одни сутки.
Третий этап - развитие прорыва, штурм города Кенигсберг, овладение городом и выход войск на рубеж: Мюле-Тиренберг - платф. Компенен - Коббельбуде - Гросс Хайдекруг и далее северный берег залива Фришес-Хафф. Продолжительность этапа четыре дня.
5. Считаю возможным операцию начать через 8-10 дней после ликвидации восточнопрусской группировки противника, если он до начала этого срока не начнет эвакуацию своих войск из района Кенигсберга. В последнем случае наступление начнется немедленно всеми наличными силами.
6. Вся группировка войск в предстоящей операции на Земландском полуострове создается за счет дополнительного выделения сил и средств 3-го Белорусского фронта..."
Далее перечислялся состав этих сил и давалась заявка на вооружение, боевую технику, боеприпасы и горюче-смазочные материалы. Подписали донесения я, Макаров и Покровский.
На следующий день Ставка сообщила, что наши соображения утверждены. Разгром восточнопрусской группировки противника юго-западнее Кенигсберга предлагалось закончить не позднее 22 марта; операцию по разгрому кенигсбергской группировки противника начать не позднее 28 марта. В ночь на 18 марта во время телефонного разговора с Верховным Главнокомандующим я доложил ему, что эти сроки нереальны. Ликвидация хейльсбергской группировки будет закончена 25-28 марта. На перегруппировку войск потребуется около 3-4 дней. Поэтому я просил разрешения начать артиллерийское и авиационное наступление в первых числах апреля. Верховный согласился, порекомендовал мне привлечь к участию в операции авиацию 2-го Белорусского фронта, Балтийского флота и 18-й воздушной армии (Авиация дальнего действия) и обещал прислать мне на помощь Главных маршалов авиации А. А. Новикова и А. Е. Голованова.