В 1598 г. умер Федор Иоаннович. Потенциальными претендентами на престол являлись двоюродный брат царя Федор Романов, глава Боярской думы Федор Мстиславский, Василий Шуйский, Симеон Бекбулатович, Василий Голицын. Но единства среди знати не было. И попытка не допустить Бориса к власти выразилась в том, что народу предложили присягнуть на имя Боярской думы. На что народ возмутился — своевольство аристократии, как в Польше, никого не прельщало. Годунов предварительно постарался завоевать популярность у москвичей, да и патриарх Иов, его ставленник, приложил усилия. Столица выступила за Бориса. А по закону царя избирал или утверждал Земский собор из представителей разных сословий и «всей земли», где первый голос принадлежал тому же патриарху. Избран был Годунов.
В следующем году он созвал еще один Собор, утвердивший наследственность его династии. А потенциальных противников продолжал убирать. Прощенному было Вельскому за неосторожное слово выщипали бороду и опять сослали. Симеон Бекбулатович странным образом в одночасье ослеп. Было инспирировано дело против Романовых по обвинению в колдовстве. Пятерых братьев подвергли пыткам, старшего, Федора, бывшего щеголя и вояку, постригли в монахи под именем Филарета, всех разослали в отдаленные места — Александр, Михаил, Василий Романовы умерли в заключении, в живых остались лишь Филарет и больной, с парализованной рукой, Иван. Ксению Романову тоже постригли, сына Михаила разлучили с родителями и отправили с теткой на Белоозеро. Сослали и всех родных и близких к Романовым — Черкасских, Сицких, Шестовых, Репниных, Карповых, Шестуновых. Федора Мстиславского и братьев Шуйских Годунов не тронул, но запрещал им жениться, чтобы их роды пресеклись.
Однако Борис насолил не только знати. Он ухитрился нагадить в стране абсолютно всем! Будучи «западником», он стремился унифицировать свое государство — чтобы, как в Польше или Прибалтике, все сословия были разложены «по полочкам». Еще при Федоре, в 1593 г., он закрепостил крестьян, отменив Юрьев день. А в 1597 г. издал закон, установивший 5-летний сыск беглых. И мало того, по этому закону любой человек, прослуживший по найму полгода, становился вместе с семьей пожизненным и потомственным холопом хозяина, что ударило и по городской бедноте, подмастерьям, мелким ремесленникам и породило массу злоупотреблений — богатые и власть имущие обманом и силой стали захватывать людей в холопство.
Туго пришлось и другим сословиям. Опасаясь заговоров, Борис культивировал повальное доносительство — холоп, донесший на дворянина, получал его поместье и дворянство. Было учреждено тайное ведомство во главе с Семеном Годуновым, наводнившее города шпионами. Из той же боязни заговоров и покушений Борис, вопреки обычаям прошлых царей, перестал регулярно появляться на людях и принимать у них челобитные. Впрочем, жалобы ему пришлось бы выслушивать на самого себя. На места опальных бояр и дворян он назначал свою родню и клевретов, которые начали в судах и администрации хищничество и злоупотребления.
Играя на популярность, Борис при вступлении на царство освободил подданных на год от налогов. Но строительство, содержание иностранного корпуса и т. д. требовали больших денег. И, наверстывая потом упущенное, царь стал отдавать подати на откуп. В откупщики тоже попадали его приближенные и драли с людей три шкуры — в результате купцам приходилось отдавать до трети прибыли. У Строгановых вообще чуть не отобрали владения, лишь за огромные подарки лично Борису им удалось «отмазаться». Годунов поссорился и с казаками. Решил подмять под себя Дон и послал туда назначенного атамана Петра Хрущева. Казаки выгнали его вон. Тогда царь запретил им торговать в русских городах, при появлении донцов было велено хватать их и сажать в тюрьмы. Предпринималось несколько экспедиций на Дон для отлова казаков. А чтобы окончательно прижать их, на Северском Донце была построена крепость Царев-Борисов.
В 1601–1602 гг. во всей Европе выдались неблагоприятные погодные условия. А на Руси из-за двухлетних неурожаев грянул голод. Меры правительства — денежные раздачи, продажа дешевого хлеба — оказались неэффективными и вели лишь к новым злоупотреблениям и спекуляциям. В одной только Москве в общих могилах погребли 127 тыс. человек. Народ заговорил, что царство Годунова не угодно Богу. Хозяева распускали холопов, которых нечем было кормить. Крестьяне разбегались из деревень, вымирали и бродяжничали. А когда бедствие пошло на убыль, правительство и хозяева принялись сыскивать беглых… Появились многочисленные шайки «разбоев». В 1603 г., объединившись под руководством Хлопка Косолапого, они двинулись на Москву. Их удалось разбить, кого ловили — вешали.