Корнилова и его генералов сначала поместили в гостиницу «Метрополь» под двойной караул. Но мимо нее ежедневно после занятий проходил Корниловский ударный полк, специально изменивший маршрут следования, чтобы перед окнами кричать «ура». Поэтому решено было 12 сентября перевести заключенных подальше от Ставки, в маленький городок Быхов (50 км от Могилева), в здание женской гимназии, разместившейся в бывшем католическом монастыре. Корниловский полк был отправлен на Юго-Западный фронт, подальше от соблазна.
Следует заметить, что Алексеев как мог старался облегчить участь узников. Внутреннюю охрану тюрьмы-гимназии несли солдаты Текинского полка, внешнюю — Георгиевского батальона. Кроме того, в окрестностях Быхова был передислоцирован только что сформированный 1-й Польский корпус (12 стрелковых и 3 уланских полка, тяжелая артиллерия) генерал-лейтенанта Юзефа Довбор-Мусницкого, в который входили исключительно солдаты и офицеры, проживавшие на территории Российской империи. То есть не те, кто спал и видел Польшу «от можа до можа», а поляки, реально желавшие сражаться за Россию против тевтонов.
Фактически заговорщики охраняли сами себя от возможного самосуда. Хотя и странное это дело — русских генералов охраняли от русских солдат текинцы и поляки. Таковы уж законы «бессмысленного и беспощадного» нашего бунта.
А в Бердичеве еще 29 августа были арестованы генерал Деникин, его начальник штаба генерал Марков и генерал-квартирмейстер Орлов. В первый же день мятежа комиссара Иорданского след простыл, но уже на следующий день он вернулся, ободренный поддержкой Бердичевского гарнизона.
Солдатские комитеты ежечасно собирались, митинговали, возбуждали толпу, сея в ней настоящую панику и слухи о том, что командующий и его штаб якобы намеревались «открыть немцам фронт», «восстановить на престоле Николая II» и пр.
Генерал писал: «Из окна своего дома я наблюдал, как на Лысой горе собирались толпы солдат, как потом они выстроились в колонну, долго, часа два митинговали, по-видимому, все не решаясь. Наконец колонна, заключавшая в себе эскадрон ординарцев (бывших полевых жандармов), запасную сотню и еще какие-то вооруженные команды, с массой красных флагов, и в сопровождении двух броневых автомобилей двинулась к городу. При появлении броневика, угрожавшего открыть огонь, оренбургская казачья сотня, дежурившая возле штаба и дома главнокомандующего, ускакала наметом. Мы оказались всецело во власти революционной демократии».
Мстя за свой испуг первых дней мятежа, комиссар Иорданский был не прочь спровоцировать солдатский самосуд над фронтовым командованием, а затем «скорый, но правый» военно-революционный суд. В этом он нашел поддержку у главного полевого прокурора фронта генерала Батога, который настаивал, чтобы суд состоялся в Бердичеве, где приговор был предопределен. Тот самый Батог, который после телеграммы Деникина Временному правительству 28 августа ужом вполз в комнату командующего и тихо прошептал: «Наконец-то этим предателям сказано во всеуслышание прямое и заслуженное ими слово». Но приезд в Бердичев членов Чрезвычайной следственной комиссии нарушил планы обоих компаньонов.
Первые недели своего заключения генералы Деникин, Марков, Орлов, Ванновский, Эрдели, Селивачев, Эльснер и др. (всего 11 человек) провели на гауптвахте в Бердичеве, под окнами которой собирались толпы вояк, угрожавших учинить расправу над «врагами революции».
Понимая, что положение критическое, невеста Деникина Ксения Чиж, которая жила в Киеве в квартире его покойной матери, в срочном порядке занялась поиском адвокатов. Дал согласие защищать генерала знаменитый Василий Маклаков, защищавший в 1913 году Менахема Бейлиса по нашумевшему в стране делу о якобы имевшем место ритуальном убийстве гимназиста. Однако быстро прибыть он не мог, зная энтузиазм Иорданского и Ко, требовалось предпринять срочные меры на месте. Тогда в Киеве к защите Деникина подключились присяжные поверенные Григорович-Барский, Калачевский и Лещ.
Расстроенный отказом в «военно-революционном суде», Иорданский «утешился» тем, что после приказа доставить подследственных в Быхов распорядился «провести их сквозь строй» — генералы вынуждены были идти к вокзалу сквозь бушующую солдатскую толпу, из которой в любой миг могли вылететь либо пуля, либо штык. Вылетели только комья грязи, булыжники и трехэтажный мат (дальнейшее предотвратил отряд юнкеров под командованием капитана Бетлинга — через несколько месяцев он станет одним из первых офицеров Добровольческой армии). Генералу Орлову разбили лицо, Деникина и Эрдели ранили в спину и голову.
Неподражаемый Керенский отозвался на арест генералов фразой, чисто в своем духе: «Корнилов должен был быть казнен; но когда это случится, приду на могилу, принесу цветы и преклоню колена перед русским патриотом».