В 9:13 выгрузку десантников закончил и крейсер «Красный Крым», также отошедший мористее. К 11:30 закончил разгружаться транспорт «Кубань»; уже при выходе из порта в мостик ему попал немецкий снаряд, в результате чего был убит капитан судна Вислобоков и ранено 5 человек.
Поскольку никакой связи с высаженными войсками не было, в 12 часов на берег был послан начальник штаба высадки капитан 2-го ранга Жуков. После того, как была наконец-то установлена связь с корректировочными постами, крейсера и эсминцы отряда корабельной поддержки в течение всего дня 29 декабря маневрировали в заливе и вели артиллерийский огонь. Эсминец «Железняков», повредивший себе при швартовке форштевень, в десятом часу утра ушел в Новороссийск. После полуночи 30 декабря эсминец «Железняков» также ушел в Новороссийск для устранения солености в котлах.
Всего в крейсер «Красный Кавказ» попало 12 снарядов и 5 мин, на корабле погибло и умерло от ран 27 человек, было ранено 66 человек. Крейсер «Красный Крым» имел попадания 8 снарядов и 3 мин, на нем погибло 12 и ранено 26 человек, оказались выведены из строя сразу три 130-мм орудия (№ 3, 7 и 12). На эсминце «Железняков» единственным попаданием были убиты 7 бойцов корректировочного поста, на эсминце «Шаумян» — сбита грот-мачта, погибло 2 и ранено 6 человек.
В 9:25 минут начались налеты вражеской авиации, продолжавшиеся до 18:00. Однако в этот день они успеха не имели. Зенитная артиллерия кораблей вела частый огонь, сами суда уклонялись от бомб маневрированием. Вдобавок с 10:50 над Феодосией появились истребители Черноморского флота. Увы, из-за удаленности аэродромов самолеты могли находиться в районе Феодосии не более 10–15 минут, поэтому появление за день пяти машин ЛаГГ-3 из состава 7-го авиаполка ВВС ЧФ и нескольких армейских И-153 не могло сыграть сколь-нибудь существенной роли. Слабость противовоздушной обороны привела к тому, что в следующие дни наши силы понесли значительные потери от ударов с воздуха — в первую очередь в транспортных судах.
Чуть раньше начала основной высадки, в 2:45, в Коктебельскую бухту вошла подводная лодка Д-5, имевшая задачу высадить здесь диверсионную группу из 31 человека. Группа должна была перехватить прибрежную дорогу на Феодосию. Однако из-за неожиданного усиления ветра с 4 до 6 баллов и начавшегося шторма (волной с палубы смыло одного краснофлотца) от высадки десанта в этот день пришлось отказаться.
Лишь следующей ночью с 2:45 до 3:00 на берег с помощью надувных лодок было высажено 18 человек, еще 3 человека погибли в перевернувшейся шлюпке. Увы, как раз в это время в районе Коктебеля появились войска противника, срочно перебрасываемые к Феодосии. Около 4 часов с подводной лодки на берегу была замечена белая ракета, послышалась ружейно-пулеметная стрельба. В бою погибло 13 человек, оставшиеся 5 на следующий день вышли к нашим войскам.
Кроме того, накануне высадки в Феодосии 28 декабря в 18:31 с подводной лодки Щ-203 на скалу Эльчан-Кая (Корабль-Камень) к югу от мыса Опук на шлюпке была высажена маневренная группа — лейтенанты-гидрографы Выжгул и Моспан. Группа в 20:47 зажгла на скале огонь, но на подводную лодку так и не вернулась — возможно, потеряв ее, когда лодка погрузилась, скрываясь от появившегося самолета.
Для того, чтобы подойти к пункту назначения одновременно, суда 1-го отряда были разделены на две группы — транспорты с 8-узловым и с 6-узловым ходом; вторая группа вышла из Новороссийска в 23:00 28 декабря — на час раньше первой. Транспорт «Серов» вообще задержался до 15 часов 29 декабря из-за повреждения руля.
Днем на переходе морем транспорты прикрывались истребительной авиацией ЧФ. Впрочем, прикрытие было жидким — 6 самолетов И-153 и ЛаГГ-3 из 7-го авиаполка и 3 самолета Пе-2 из 40-го авиаполка. Последние машины имели несколько большую дальность, это был первый опыт применения «пешек» в качестве истребителей дальнего прикрытия. Чтобы прийти ночью, а не под утро, судам тихоходной группы пришлось изменить маршрут и двигаться ближе к берегу, в результате чего она пришла даже раньше намеченного срока.
Суда первой (тихоходной) группы 1-го отряда транспортов начали разгружаться в порту Феодосии с 22:10 29 декабря. Выгрузка происходила под систематическим воздействием авиации противника, однако ночью ее действия оказались малоэффективны. Транспорты «Шахтер» и «Красный Профинтерн» завершили разгрузку к 5:30 следующего утра, транспорт «Ташкент» к 11:00 выгрузил только людей. Небольшой пароход «Азов» отстал от отряда, задержался и разгрузился только утром 30 декабря, а потом участвовал в разгрузке крейсера «Красный Кавказ».
Быстроходная группа начала входить в порт в 23:00. Маневрирование и разгрузка транспортов в тесной Феодосийской гавани затруднялись 6-балльным ветром, поэтому разгрузка этой группы задержалась — «Зырянин» и «Ногин» удалось разгрузить только к 16:30, теплоход «Жан Жорес» — к 22:00 30 декабря. Теплоход «Серов» задержался на переходе и прибыл только в 16:30 30 декабря.