Среди жителей Полоцка было много иудеев. Их, от стариков до младенцев, постигла страшная участь — погибнуть подо льдом Двины и Воловьего озера. Псковская летопись повествует: «Которыя были в городе люди жидове, и князь великий велел их с семьями в воду в речную вметати и утопили их». Такая же судьба ожидала католиков. Царские татары порубили саблями монаховбернардинцев и предали огню их храм. В тот день последний раз молились Богу и братьядоминиканцы. Царь отдал приказ безо всякого суда лишать жизни всех, кто крестится не поправославному.
После той резни в городе появились первые католические святые — мученики Адам, Доминик и Петр, погибшие от стрелецких сабель. Предание утверждает, что в Полоцке, когда требовалось скрепить грамоту печатью, царь выгонял всех прочь, чтобы не видели, как с его рук капает кровь.
Город превратился в гигантское пепелище. Сгорела вся его укрепленная часть, где было три тысячи дворов. Воеводу Давойну с женой и детьми, епископа Арсения, знатных полоцких шляхтичей Немировича, Корсака, Ешманов и других царь отправил в Московию. Оккупанты объявили всех горожан пленными, истребили полоцкое рыцарство, которое отказалось перейти на службу к тирану. Стрельцы на глазах у мужей и родителей насиловали уважаемых матерей семейств и юных девушек. Шляхту, мещан, всех, кто скрывался в городе, Иван приказал вязать и угонять на восток.
Участник войны итальянец Александр Гванини, служивший витебским комендантом, в своей «Хронике Европейской Сарматии» сообщает, что московский царь вывел из Полоцка 50 тысяч пленных. Польский историк Мацей Стрыйковский (он в то время также служил в Витебске) добавляет, что гнали их не по-христиански, а как иудеев к Вавилону: и женщин, и детей вели связанных веревками и кое-как одетых. Людей почти не кормили, и они сотнями умирали на зимних дорогах от голода и мороза.
Почти никому из пленников не посчастливилось возвратиться на Родину. Тех, кто не остался в сугробах, в Московии развезли по разным городам и усадьбам. 665 полочан по царской воле зарезали в темницах.
В отделе рукописей Публичной библиотеки имени Салтыкова-Щедрина в Петербурге хранится «Псалтырь» второй половины XVI века, где можно прочесть: «Написана сия книга рукою многогрешного и недостойного раба божего Ивана полонянина полоцкого в заключении и во двоих путах связанного».
Люблинская уния
Вопрос о государственной унии с Польшей остро поставила на повестку дня прежде всею Полоцкая война. Наша страна не могла собственными силами отразить нападение восточного интервента, освободить оккупированную московским войском Полотчину. Уже в 1562 году, собравшись надполевой сойм пол Витебском, шляхта Великою Княжое I на Литовскою приняла обращение к королю и великому князю Жигимонту Августу с просьбой об объединении государств и создания «общей обороны».
В 1563 году на варшавском сойме при участии делегации Великого Княжества начали официально обсуждаться условия объединения. Польская сторона, ссылаясь на старые акты времен Ягайлы, добивалась фактически полной инкорпорации Княжества, а наши послы настаивали на полностью равноправном союзе. Сохранение независимости Великого Княжества Литовского было принципиальной позицией магнатов — Радзивиллов, Халкевичец, Вяловичей и других.
Споры продолжались не один год, между тем трудности войны все острее требовали новых сил — помощи от Польши. Шляхта, наиболее страдавшая от неравной борьбы с Москвой, соглашалась на польские условия и просила монарха срочно созвать общий сойм для подписания унии.
Совместный сойм Великого Княжества Литовского и Польского Королевства для рассмотрения дела унии собрался в январе 1569 года в Люблине. Вновь обнаружились принципиальные расхождения в предложенных делегациями условиях объединения. Сенаторы и послы нашего государства даже свои совещания проводили отдельно. Поляки обратились к Жигимонту Августу, чтобы тот заставил литвинов присоединиться к коронному сойму и принять польские условия. Возмущенная делегация Княжества оставила Люблин. Тем временем польские паны, используя момент, добились присоединения к Короне богатых земель Великого Княжества — Подляшья и Волыни. Затем точно так же были инкорпорированы Киевское и Браславское воеводства.
В Вильне возмущались, даже рассматривали возможность войны с Польшей, но еще более ослабленному потерей богатых территорий Княжеству не оставалось ничего иного, как вновь прислать делегацию на Люблинский сойм. Наши магнаты делали все, чтобы отстоять максимальную самостоятельность своего государства.