Нет никаких сомнений, что без постоянных личных усилий Дженнера и проявленных им в последующие годы блестящих качеств политика вакцинация не утвердилась бы в медицинской практике. Живя в Челтенхеме, он по-прежнему боролся за свое детище, с горечью отмечая упрочение позиций тех врачей, хирургов и фармацевтов, которые отвергали вакцинацию. Все меньше людей подвергались вакцинации, и все больше — вариоляции. В результате в 1805 году в Лондоне от оспы умерли более восьми тысяч человек. Дженнер неустанно писал письма в защиту вакцинации.
Новые неурядицы потребовали его возвращения в Лондон. Долги оставались не выплаченными, а в Англии того времени все должники попадали в тюрьму. Парламент отсрочил положенное вознаграждение, а когда оно было наконец выдано, то оказалось, что его обложили огромными налогами и вычетами. Чтобы свести концы с концами, Дженнеру пришлось прекратить вакцинацию бедняков, и он попросил одного из своих друзей взять на себя эту задачу. Затем возникла проблема, связанная с доктором Уокером из Королевского Дженнеровского общества. Дженнер посчитал, что должен разрешить ее, но это решение было неразумным — он оказался втянутым в серьезные неприятности.
Именно Дженнер в свое время предложил назначить Уокера ординатором, отвечающим за прививки в Королевском Дженнеровском обществе. Уокер работал в так называемом Сентрал-хаусе, где беднякам делали вакцинации бесплатно. Он был грубым и нелюбезным человеком. Малейшие ошибки больных выводили его из себя. Если мать клала одежду ребенка на его стол, он швырял ее на пол; если она случайно вставала на его пути, он отталкивал ее и ставил, словно расшалившегося ребенка, лицом в угол. Если мать, по его мнению, неразборчиво произносила свое имя, он заставлял ее повторять его по буквам, медленно и громко, десять раз подряд, чтобы тем самым преподать ей урок; а если после всего этого напуганная женщина порывалась уйти, он загораживал дверь — и все это сопровождалось крайне язвительными замечаниями.
Кроме того, Уокер начал брать деньги с некоторых больных. После долгих споров Общество решило позволить ему делать это в определенных ситуациях. И тогда он совершил то, что Дженнер расценил как непростительный грех: в сентябре 1804 года Уокер написал письмо редактору «Physical and Medical Journal» и предложил новый метод получения вакцины для одних больных из пустул, развившихся после прививки у других больных. Дженнер и многие его коллеги тут же заявили, что подобная процедура снижает эффективность вакцинации. После этого на страницах журнала разгорелась жаркая полемика между Уокером и другими врачами. Дженнер упрямо стоял на своем, отвергая любые компромиссы, и многие считали, что его упрямство стало основной причиной последовавших затем катастрофических событий. Дженнер потребовал, чтобы Общество уволило Уокера. Начались острые споры, разделившие Общество на сторонников и противников Уокера. В конце концов 8 августа 1806 года он подал в отставку.
Впрочем, сдаваться Уокер не собирался. Прежде всего он отказался уйти из своего кабинета в Сентрал-хаусе, а когда наконец выехал оттуда, то забрал с собой все истории болезни. После этого он организовал кабинет в соседнем доме и получил возможность перехватывать больных, направлявшихся в Сентрал-хаус. И наконец, 21 августа 1806 года он начал открытые боевые действия, учредив Лондонский институт вакцинации, президентом которого стал лорд-мэр Лондона.
2 октября 1806 года Дженнеровское общество назначило на должность, которую ранее занимал Уокер, двадцатидвухлетнего врача Джеймса Шеридана Ноулза. Через два года Ноулз попал в долговую тюрьму. Это событие сыграло роль пресловутой соломинки, сломавшей спину верблюда; Королевское Дженнеровское общество прекратило свое существование.
Теперь угроза долговой тюрьмы нависла и над самим Дженнером. Он опять обратился к старым друзьям и попросил их оказать давление на парламент, дабы тот снова принял решение выделить ему средства.
Парламент проголосовал за обращение к лондонскому Королевскому колледжу врачей с просьбой об учреждении Комитета по вакцинации, который в свою очередь заслушал свидетельства Дженнера и других специалистов как в поддержку вакцинации, так и против нее. Кроме того, парламент попросил лондонский Королевский колледж врачей узнать мнение эдинбургского и дублинского Королевских колледжей врачей и дублинского, эдинбургского и лондонского Колледжей хирургов по этому поводу. Лондонский Королевский колледж врачей разослал своим членам, выступавшим в поддержку вакцинации, соответствующий опросный лист. Лондонский колледж хирургов, обидевшись на то, что парламент не обратился к нему напрямую, не представил никаких выводов. Дженнер горько сожалел, что такие уважаемые люди позволили чувству обиды одержать верх над научными соображениями.