Наполеон не удосужился даже выслушать его, не было проведено даже формального следствия, и лишь в феврале 1812 года (через три с половиной года!) было начато довольно странное мероприятие, названное чрезвычайным дознанием. Быстро было проведено шесть заседаний, на которые не были приглашены ни свидетели со стороны Дюпона, ни его бывшие подчиненные. Кроме того (видимо, для большей объективности) Дюпону не отдали ни одной из его бумаг, которыми он мог бы воспользоваться для своего оправдания.
В результате, 1 марта 1812 года вышел специальный императорский декрет, лишавший Дюпона всех его титулов, наград и чинов. А его содержание в заключении было продлено «до особого распоряжения», то есть без указания конкретного срока.
Кстати сказать, действие этого декрета Наполеона было официально отменено Людовиком XVIII лишь 17 декабря 1816 года. При этом официально было заявлено, что Байленская капитуляция была необходимой, и что в ней не было ничего позорного, но это ничего не изменило: общественное мнение продолжало оставаться не на стороне Дюпона, а его имени даже не нашлось места на Триумфальной арке в Париже.
В дальнейшем на протяжении почти двух столетий за Дюпоном закрепилась репутация позорного капитулянта, предателя и труса. Создавая свою историю и множа ряды «козлов отпущения», Наполеон всегда добивался своего.
В замке Жу Дюпон находился до 1813 года, затем он был переведен в крепость Дуллен, а затем в Дрё под надзор полиции, откуда его освободили лишь после падения Наполеона в апреле 1814 года.
После освобождения Дюпон некоторое время был военным министром при Людовике XVIII, затем он стал депутатом парламента от Шаранты и губернатором 4-го военного округа. Умрет Дюпон 9 марта 1840 года.
Другой генерал, участвовавший в переговорах с испанцами, Теодор Шабер, также был уволен из армии, лишен своего генеральского звания, полученного в 1793 году, и посажен в тюрьму. Лишь в период Ста дней он, оставив обиды, вернется в наполеоновскую армию и ненадолго станет дивизионным генералом. Впрочем, это звание будет у него вновь отнято после Второй реставрации. Шабер умер 87-летним стариком в 1845 году.
Невольный участник переговоров о капитуляции дивизионный генерал Арман-Самюэль Мареско был отстранен Наполеоном от дел, уволен с военной службы и, как и Дюпон, посажен в тюрьму.
По свежим следам разъяренный император объявил Мареско вторым после Дюпона виновником Байленской катастрофы. В частности, 23 августа 1808 года Наполеон давал генералу Коленкуру краткий анализ событий в Испании, в котором содержалась важная фраза, фактически решившая судьбу генерал-инспектора инженерных войск. Наполеон писал:
Через три дня Наполеон писал о Дюпоне и Мареско, что они «проявили столько же глупости, сколько трусости и малодушия».
Сам Арман де Коленкур свидетельствует в своих Мемуарах, что спустя четыре года, находясь в России, император вспомнил о генерале Мареско и сказал следующее:
После отречения Наполеона Мареско был освобожден из заключения. Он не вернулся на службу, а стал военным историком и писателем. Умрет Мареско в 74-летнем возрасте в 1832 году.
Начальник генерального штаба Дюпона генерал Франсуа-Мари-Гийом Лежандр д’Арвесс остался в армии, но 13 января 1809 года имел несчастье привлечь к себе внимание Наполеона на большом параде в Вальядолиде. Парад был приостановлен, пока император изливал свое возмущение на голову несчастного Лежандра, ставшего «козлом отпущения» и изгнанного из строя на глазах у собственных солдат.
Во время этой отвратительной сцены Наполеон перед сотнями свидетелей прокричал ужасные слова о том, что «Франции нужна была честь, ей не нужны были люди». Лежандру же он заявил: