Это был год 50-летия пребывания королевы Виктории на троне, от осведомителей и из газет потоком лилась информация о намерениях ирландских террористических сил в Америке и Франции — "Объединенных ирландцев" Донована О'Россы, "Клан-на-Гейла" Джеремии Салливана и "Ирландского республиканского братства" в Париже, — устроить теракты во время празднования в Лондоне.
Аналогичная информация поступала и от полиции континентальных стран в отношении многих видных анархистов, державших Европу в страхе динамитными взрывами последние несколько лет, и собиравшихся устроить смертоносный "фейерверк" на юбилейных торжествах. Британское общество было готово идти дальше Особого Ирландского отдела — об этом свидетельствовало и появление динамитных "ужастиков" в английской литературе.
В 1885 году Роберт Стивенсон наспех написал и издал своего "Динамитчика", в котором предрекал "падение Англии" и "гибель тысяч людей от рук динамитчиков". На случай, если обычные взрывчатые вещества не принесут ожидаемого эффекта, злодеи Стивенсона имели и другие варианты действий, среди которых был план "разрушить дренажные системы городов и стереть все их население опустошительным тифозным мором".
В 1888 году вышел "Динамитный корабль" Дональда Маккея, написанный за год до стивенсоновского творения. В книге Маккея ирландские националисты бомбардировали Вестминстерский дворец сотней фунтовых динамитных снарядов, запущенных из оружия двадцать футов длиной с диапазоном восьми миль. "Наука ужасна в своих идеях, коли она помещает такое оружие, как это, в руки людей, которыми движут страсть ненависти или мести", — писал Маккей.
В итоге в апреле 1887 года из Особого Ирландского отдела, руководить которым назначили одного из бывших подчиненных Дженкинсона, майора Госселина, был выделен маленький самостоятельный отдел, получивший название "Секция Д" или "Секретный отдел", целью которого была борьба со всеми проявлениями экстремизма на территории Британии, в том числе и слежка за иностранными и английскими подданными. Его главой стал старший инспектор Джон Литтлчайлд, у которого в подчинении было еще три инспектора и шесть сержантов.
Первой крупной операцией нового Особого отдела стало подавление т. н. "заговора Юбилейного взрыва", который организовывался членом радикально-националистического "Клан-на-Гейла" генералом Френсисом Милленом.
Детективы установили слежку за генералом во Франции, в Лондоне они не спускали глаз с его агентов, которые несколько раз посещали здания парламента и встречались с некоторыми из членов Ирландской парламентской партии. В конце концов суперинтендант Уилльямсон лично приехал во Францию и сообщил Миллену, что за всеми его передвижениями следят.
Генерал тут же убрался обратно в Нью-Йорк, на чем заговор, собственно, и закончился. Позднее детективам удалось арестовать и двух предполагаемых исполнителей, доставивших динамит из Америки в Англию. Однако в Скотланд-Ярде не знали, что генерал Миллен был двойным агентом и состоял на жаловании в министерстве иностранных дел, и что своими действиями они нарушили планы премьер-министра и министра иностранных дел лорда Солсбери связать членов парламента от Ирландской парламентской партии и ее лидера Чарльза Парнелла с участниками фиктивного террористического заговора и тем самым навсегда похоронить идею самоопределения Ирландии (гомруля).
К началу 1890-х задача борьбы с ирландскими террористами к этому времени отошла на второй план, и Особый отдел сосредоточился на осевших в Британии анархистах и иностранных революционерах всех мастей. В своих действиях детективы из Особого отдела не брезговали и провокацией. В 1892 году старший инспектор Уильям Мелвилл через провокатора Аугуста Кулона организовал в городке Уолсолл (Стаффордшир) фиктивный бомбистский заговор, который успешно раскрыл. Были арестованы шесть анархистов и обвинены в производстве бомб для использования против царского режима. Трое из них получили по десять лет, еще один — пять.
Успех Мелвилла способствовал тому, что когда в 1893 году старший инспектор Литтлчайлд вышел по болезни в отставку, Мелвилл был назначен на его место. К концу XIX века Особый отдел также стал отвечать за личную безопасность сперва королевы Виктории, а после ее смерти за безопасность короля Эдуарда VII. В его ведении находилась и безопасность высоких особ, посещавших Лондон. Так, согласно воспоминаниям Густава Штайнхауэра, в 1901 году Мелвиллу удалось предотвратить заговор "русских анархистов", намеревавшихся убить германского кайзера Вильгельма II и бельгийского короля Леопольда. Правда, заговорщикам удалось бежать, один из них, И. Блуменфельд, был повешен в Варшаве в 1906 г. В 1903 году Мелвилл вышел в отставку и суперинтендантом и главой Особого отдела стал Патрик Куинн, который пробыл на этом посту до 1918 года.