Работа у Ломоносова вывела Баркова на поле занятий русской историей. В 1756–1757 гг. он сделал для Ломоносова копию Кенигсбергского (Радзивилловского) списка летописи Нестора, в 1759 г. «ежедневно после полудня» ходил к Ломоносову для переписывания его «Древней Российской истории», тогда же сверял изготовленную летописную копию с подлинным Кенигсбергским списком. Позже им были осуществлены две самостоятельные исторические работы: написан очерк русской истории от Рюрика до Петра I, вошедший в книгу «Гилмара Кураса. Сокращенная универсальная история <…> с приобщением Краткой российской истории вопросами и ответами в пользу учащегося юношества» (СПб., 1762)
[54], и осуществлено издание Несторовой летописи по списку, обрабатывавшемуся им под руководством Ломоносова. Это издание вышло в 1767 г. как первая часть «Библиотеки российской исторической, содержащей древние летописи и всякие записки…» (подготовка велась с 1759 г.). Руководил печатанием советник академической Канцелярии И. И. Тауберт. Издание этого важнейшего памятника русской историографии подверглось уничтожающей критике известного немецкого ученого А.-Л. Шлецера, много десятилетий занимавшегося историей России, в частности, летописью Нестора. Суровый приговор Шлецера на долгие годы определил отношение к редакторско-издательскому труду Баркова. Шлецер назвал Баркова «подделывателем» и утверждал, что подллинной летописи читатель так и не получил, ибо «не русский летописец XI столетия лежал перед ним, а русский канцелярист XVIII столетия Барков». Причины неудачи с изданием Шлецер объяснял как тем, что был избран далеко не лучший список Нестора (Кенигсбергский), так и тем, что работали над ним непрофессионалы: руководил «Тауберт, не истинный ученый по профессии», «Печатание, корректуру и все дело он передал не ученому (однако знающему по-латыне) академическому канцеляристу Баркову. Несчастный выбор, потому что этот человек, сверх недостатка учености, имел еще и ту слабость, что часто бывал нетрезв. И — что еще более увеличило зло — Тауберт позволил, или лучше сказать, приказал этому издателю 1) изменять старую орфографию или подновлять ее; 2) пропускать целые отрывки не исторического содержания <…> 3) непонятные места изменять по догадкам и делать их понятными; старые, обветшалые слова заменять новыми по соображению; 4) пробелы пополнять из других списков.Такого издания древних, важных летописей XVIII столетие не видало ни у одного просвещенного народа!»
[55]Суровый приговор Шлецера был на долгое время канонизирован в России в авторитетном «Опыте краткой истории русской литературы» Н. И. Греча (СПб., 1822)
[56], но в советское время эта оценка во многом пересмотрена; не отрицая допущенных просчетов, за изданием признают ценность приоритетной публикации важнейшего исторического источника [57].Кроме этого, Баркову принадлежит перевод с латинского «Сокращения универсальной истории» Л. Гольберга (СПб., 1766), он же редактировал перевод «Натуральной истории» Ж. Бюффона и по поручению Тауберта правил «Скифскую историю». А. Лызлова. Но это уже были труды 1760-х гг.
В мае 1756 г. академическая Канцелярия удовлетворила просьбу Баркова и «ему приказано было данные от сов<етника> и проф<ессора> гдна Ломоносова дела переписывать в Канцелярии, а не у него на дому, и от Академии бы его никуда не отлучать»
[58]. Однако перепиской ломоносовских бумаг Барков занимался и далее. Пожалуй, самое красноречивое свидетельство доверия, оказываемого ему Ломоносовым, это привлечение Баркова к переписке сочинявшейся Ломоносовым в июле — августе 1764 г. «Краткой Истории Академической Канцелярии», документа злободневного и острого, раскрывающего академические интриги и подводные течения.С 1756 г. Барков стал вести письменные дела президента Академии наук К. Г. Разумовского, но уже в январе следующего года «за пьянство и неправильность» был от них уволен. «Срывы» Баркова продолжались и позднее: в 1758 г. он на несколько недель исчез из Академии и не появлялся на службе, так что его даже пришлось разыскивать через полицию
[59]. Но при этом постепенно расширяется объем литературной деятельности Баркова, больше он занимается редактированием и переводами. Так, в том же 1758 г. он готовит «Переводы с латинского и шведского языков, случившиеся во время имп. Марка Аврелия римского и Каролуса XII шведского» (издано было лишь в 1786 г.).