В лечебном центре несколько комнат. В маленькой комнате с утра Иоанн общается с 33 духами, прося их помочь ему. Пеллигрино-Эстрич пишет, что «эти сущности — души умерших врачей, хирургов, целителей, психологов, теологов, уровень развития которых настолько высок, что им уже не нужно воплощаться в физическом теле. Но они продолжают развиваться и повышать свой уровень, помогая людям» (Pelligrino-Estrich. 1997. P. 42). Кроме того, он просит помощи у Христа, Девы Марии и Дона Инасио (Святой Игнатий Лойола, основатель ордена иезуитов). После того, как сущности входят в него, Иоанн Божий начинает работу. Он может одновременно вместить только одну сущность, но по своей воле может менять их. Также сущности могут работать с пациентами, не входя в его тело (Pelligrino-Estrich. 1997. P. 44).
Больные сначала проходят две комнаты, которые называются «комнатами потока», где по обеим сторонам сидят медиумы, обеспечивая поток энергии. В первой комнате находятся 20 или 30 медиумов в постоянной медитации; во второй — 50 человек. Пациенты проходят мимо этих медиумов и подходят к целителю, который сидит в кресле, накрытом белой тканью. Пока больные подходят к Иоанну, сущности смотрят в их прошлые жизни, на их здоровье, на их сознание и на общую жизненную ситуацию. В зависимости от каждого конкретного случая, сущности назначают различное лечение, включая травы, или операции на физическом или нефизическом уровне. Травы больные могут приобрести в больнице. Те, кому нужна операция на нефизическом уровне, проходят в специальную комнату. В самых тяжелых случаях пациентов погружают в кому на время операции. Другие сидят на кроватях, двенадцать медиумов их учат, как молиться и медитировать, и одновременно с ними работают духовные сущности, проводя лечение. Два раза в день в палату заходит Иоанн Божий и говорит: «Во имя Иисуса Христа, вы все здоровы. Пусть то, что должно быть сделано, будет сделано во имя Господа» (Pelligrino-Estrich. 1997. P. 19). В это время завершаются все лечебные процессы и операции на нефизическом уровне. Пеллигрино-Эстрич пишет: «Ученые с помощью рентгеновских лучей выявили, что у пациентов появляются швы на внутренних органах, как после операции» (Pelligrino-Estrich. 1997. P. 19).
В большом общем зале Иоанн Божий проводит операции на физическом уровне. Сначала пациенты попадают во вторую комнату потока энергии и полчаса пребывают там в медитации. Затем Иоанн Божий ведет некоторых из них в зал, где он и помогающие ему сущности, души врачей, проводят обычные операции с обычными медицинскими инструментами (Pelligrino-Estrich. 1997. Pp. 20—22). Пеллигрино-Эстрич говорит о целителе: «Его руки действуют абсолютно точно, даже если его внимание обращено на что-то другое. Он делает многие вещи, на которые не способны высококвалифицированные хирурги» (Pelligrino-Estrich. 1997. Pp. 42—43). Сам Иоанн говорит: «Лечу больных не я. Их лечит Господь, а я лишь его инструмент» (Pelligrino-Estrich. 1997. P. 44). Во время операции больные находятся под анестезией, но не с помощью лекарств, а более похожей на гипноз, нефизической (Pelligrino-Estrich. 1997. P. 45). Иоанн также может обеззараживать руками. Пеллигрино-Эстрич пишет: «В его больнице не было ни одного случая заражения, притом, что за 30 лет там прошли сотни тысяч операций» (Pelligrino-Estrich. 1997. P. 45). Еще одна странная особенность этих операций в том, что даже если делаются большие разрезы на любых органах — больной почти не теряет кровь (Pelligrino-Estrich. 1997. P. 46).
Исцеления происходят не только в результате операции — видимой или невидимой. Их успех зависит от снятия влияния вредоносных сущностей, которые как бы прилипают к пациентам (Pelligrino-Estrich. 1997. P. 90). Также здесь учитываются и кармические заслуги и долги пациента. Пеллигрино-Эстрич пишет: «Запись о кармических заслугах хранится в душе, которая приходит на землю; болезни тела являются воздаянием за кармические грехи. Болезни могут проявиться сразу, как врожденные дефекты, а могут развиться позже. Кармические болезни из прошлых жизней нельзя вылечить никаким способом, кроме как искупить совершенный проступок… Это можно сделать беззаветным служением людям или через страдания. Конечной целью является осознание и очищение души» (Pelligrino-Estrich. 1997. P. 96). Все операции записываются на видеопленку, записи можно посмотреть в больнице или купить и забрать с собой. В конце дня Иоанн Божий проводит специальный сеанс с медиумами, и потом сущности-помощники покидают его тело.