Линдон Джонсон, только что приведенный к присяге в качестве нового президента США, считал убийство Кеннеди уголовным преступлением, расследованием которого должна заниматься полиция. В разговоре с Эдгаром Гувером 25 ноября 1963 года он отметил, что генеральному прокурору Техаса достаточно подготовить доклад, а ФБР – в сотрудничестве с властями Техаса составить сводный отчет. Гувер согласился {692}. Джонсон также заявил американскому журналисту Джозефу Олсопу, что ФБР уверено в способности провести «максимально грамотное, быстрое и результативное» расследование {693}. Однако вскоре Джонсону стало известно, что сенат и палата представителей США намерены инициировать собственные расследования, поскольку в деле возник международный след. У журналиста возникли опасения, что официальные предположения о причастности Советского Союза к убийству Кеннеди могут спровоцировать угрозу ядерного удара со стороны Москвы.
29 ноября Джонсон провел консультацию с доктором Гленном Сиборгом, председателем Комиссии по атомной энергии США. Как пишет Макс Холланд в книге “
С учетом услышанного в тот же день Джонсон, которого через несколько месяцев ждали президентские выборы, создал «группу из лучших, первоклассных профессионалов». Ее целью было не расследование убийства, а выработка и предоставление (на основе общей безукоризненной репутации выдающихся участников группы) публике отчета, развеявшего бы все слухи о «затруднениях на внешнеполитическом направлении», возникших в результате ставших известными связей Освальда с советской разведкой и коммунистической Кубой. Группа была названа комиссией Уоррена по имени своего председателя, главы Верховного суда США Эрла Уоррена.
Комиссия Уоррена начала расследование на месте преступления лишь 18 марта 1964 года, по окончании суда над Джеком Руби. Норман Редлич, штатный юрист комиссии Уоррена, отвечавший за организацию допроса советской вдовы Освальда, Марины, указал в отчете, что она «неоднократно лгала Секретной службе, ФБР и самой комиссии в вопросах жизненной важности для граждан США и мира в целом». Однако председатель Верховного суда Уоррен отказался от любых попыток проверить искренность Марины с помощью детектора лжи или перекрестного допроса, объяснив подчиненным, что комиссии бессмысленно заявлять о недоверии главному свидетелю, знакомому с личностью Освальда.
15 июня комиссия объявила о завершении расследования. Заключительный отчет был написан тремя советниками – Норманом Редличем, Альфредом Голдбергом и Ли Рэнкином, у которых не было опыта работы во внешней контрразведке. Комиссия постоянно принуждала их «работать скорее в закрытом, а не в открытом режиме» ввиду временных ограничений: отчет было необходимо закончить до предстоящих президентских выборов.
Доклад комиссии Уоррена был опубликован Правительственной типографией США 24 сентября 1964 года – за шесть недель до выборов. Он состоял из двадцати шести томов небрежно собранных показаний, данных комиссии, и документов, полученных преимущественно от федерального правительства и властей штатов, а также от госорганов Советского Союза. Еще один том содержал итоговый отчет. Этот отчет представлял собой сборную «солянку» из материалов, подобранных различными участниками расследования, с некачественно сведенным алфавитным указателем. Однако двадцать шесть опубликованных томов – это кладезь фактологической, хотя и в значительной степени необработанной, информации, по которой сведущий аналитик, знакомый с оперативной деятельностью и методами советской разведки изнутри, может отследить явную причастность Советского Союза к соответствующим событиям.
Комиссия пришла к выводу, что Джон Кеннеди был убит 22 ноября 1963 года Ли Харви Освальдом, выстрелившим в него из здания Техасского школьного книгохранилища, при этом сам Освальд был убит двумя днями позже в полицейском управлении Далласа Джеком Руби. Комиссия «не обнаружила никаких доказательств того, что Ли Харви Освальд или Джек Руби были участниками какого-либо заговора (внутреннего или иностранного) с целью убийства президента Кеннеди». Далее комиссия заявила об «отсутствии достоверных доказательств того, что Освальд был агентом советского правительства», и отметила, что «он не получал особых привилегий при въезде в Советский Союз, выезде из него и возвращении в Соединенные Штаты». Комиссия «не смогла вынести окончательного суждения о мотивах Освальда», хотя отметила ряд таких его черт, как замкнутость и антиамериканский настрой, которые могли подкрепить его побуждения.