В силу своей ограниченности диалектика древних, будучи направлена лишь на познание общей картины мира, была непригодна для исследования отдельных процессов, явлений, предметов. Ограничиваясь лишь непосредственно созерцаемой общей картиной окружающей действительности, наивная диалектика древних не вскрывала поэтому развивающихся реальных внутренних противоречий, присущих определённым процессам, вследствие чего ее общие представления о противоречии, движении и развитии были умозрительны. Такая диалектика не могла, конечно, преодолеть метафизики, она существовала наряду с ней, иногда даже в учении одного и того же мыслителя.
Чтобы правильно отобразить в сознании природу в её целом, раскрыть законы развития природы, необходимо было перейти от общих суждений о природе к изучению её конкретных предметов и явлений. Этот исторически необходимый этап познания - этап накопления конкретных знаний о природе - занял многие последующие столетия.
В условиях феодализма, хотя и замедленно и ограниченно, но неуклонно происходил процесс накопления отрывочных знании о природе. Начиная с XV-XVI вв. в связи с началом роста капиталистических отношений, развитием торговли, ремесла, промышленности естествознание быстро начинает двигаться вперед, совершая одно за другим выдающиеся открытия в области астрономии, механики, физики, математики и т. д.
Наука в этот период постепенно накапливала значительный фактический материал, в том числе и о растительном и животном мире, что позволило затем приступить к классификации растений и животных, к систематическому изучению их.
На первых стадиях собирания фактов познание отдельных явлений природы приводило к тому, что предметы природы рассматривались вне связи с другими, изолированно и вследствие этого вне движения, изменения и развития. Эти особенности естественнонаучного подхода к явлениям природы, абсолютизированные философами XVII-XVIII вв., привели к широкому распространению метафизики, заменившей собой наивное диалектическое мышление древнегреческих философов. Однако господство метафизики носило временный характер, ибо процесс накопления знаний об отдельных явлениях природы неизбежно приводил и не мог не приводить к подрыву этих позиций, к возникновению враждебных метафизике диалектических взглядов. Ярким примером этого в условиях XVIII в. являются идеи гениального русского учёного М. В. Ломоносова.
М. В. Ломоносов в противоположность господствовавшим метафизическим взглядам его времени доказывал, что вся природа - и не только Земля, но и другие небесные тела - находится в постоянном изменении. М. В. Ломоносов нарисовал в частности яркую картину непрерывного изменения земной коры.
В своём труде "О слоях земных" Ломоносов писал: "...Твердо помнить должно, что видимые телесные на земли вещи и весь мир не в таком состоянии были с начала от создания, как ныне находим, но великие происходили в нём перемены, что показывает история и древняя география, с нынешнею снесённая, и случающиеся в наши веки перемены земной поверхности. Когда и главные величайшие тела мира, планеты, и самые неподвижные звёзды изменяются, теряются в небе, показываются вновь, то в рассуждении оных малого нашего шара земного малейшие частицы, то есть горы (ужасные в глазах наших громады), могут ли от перемен быть свободны?" [2].
Ломоносов настойчиво развивал идею единства мира, основывая эту идею на положениях развиваемой им научной атомистики. Благодаря этому он впервые в науке указал на внутреннюю связь физики и химии, разрушая тем самым метафизическую перегородку между этими науками. Установленный им закон сохранения вещества Ломоносов связал с законом сохранения движения. Тем самым в науке была выдвинута огромной важности идея взаимосвязи материи и движения, подрывающая коренные положения метафизики.
Эти великие идеи Ломоносова, намного опережавшие состояние современного ему естествознания, не были по достоинству оценены учёными той эпохи, находившимися власти метафизики. Только постепенно, под напором новых и новых данных естествоиспытатели конца XVIII и начала XIX в. приходили к идеям развития природы.
Французские материалисты XVIII в. Дидро, Гольбах, Гельвеций и др., будучи в целом метафизиками, также сумели в своих сочинениях высказать ряд гениальных диалектических догадок: они указывали на неразрывную связь движения с материей, рассматривали движение, как форму существования материи, отвергая метафизическое и идеалистическое представление о первотолчке. Дидро говорил о внутреннем неисчерпаемом источнике движения, заключённом в каждой частице материи, выдвигал прогрессивную идею о происхождении одних видов от других, менее развитых, считая главным условием эволюции изменение условий существования. Однако состояние науки того времени не позволяло этим мыслителям пойти дальше отдельных догадок. Лишь в первой трети XIX в. новые данные, накопленные естествознанием, позволили поставить вопрос о единой диалектической картине мира.