In prima jumatate a primului mileniu i.HR., s-au gasit schimbari vizibile in structura sociala a triburilor locale ilirice si tracice. Asezarile din aceasta perioada constau din sate si mici fortificatii situate pe inaltimile care dominau zona. Sapaturile acestor fortificatii dezvaluie, asa cum am mentionat deja, numeroase produse metalice, inclusiv bijuterii din aur si argint, precum si mostre de ceramica de inalta calitate. Sapaturile satelor produc foarte putine produse metalice; bijuteriile sunt aproape absente; ceramica este primitiva si aproape imposibil de distins de cele produse in timpul Neoliticului. Evident, nobilimea tribala locuia in fortificatii, iar membrii obisnuiti ai comunitatii locuiau in sate. Acest lucru indica un proces amplu de proprietate si stratificare sociala intre triburile Balcanice. Faptul separarii nobilimii tribale, care aparent a inceput in epoca bronzului, confirma si diferenta de ustensile gasite in inmormantarile bogate si sarace. Dar descompunerea progresiva a sistemului comunitar primitiv nu a dus la mijlocul primului mileniu i .HR. spre formarea unei societati de clasa in Balcani (cu exceptia Greciei). Triburile tracice de Sud care locuiau pe teritoriul Bulgariei moderne, unde formarea Statelor a inceput in secolul V i.HR., s-au apropiat cel mai mult de aceasta. Relatiile colonistilor greci cu triburile locale, care nu au supravietuit inca relatiilor comunitare primitive, dobandesc o mare importanta in acest moment. Aceasta este relatia grecilor cu triburile tracice din Peninsula Balcanica, cu triburile locale din sudul Italiei si Sicilia, cu celtii si ibericii, care in cele mai vechi timpuri locuiau pe teritoriile moderne ale Frantei si Spaniei, cu scitii, locuri si altele, triburi de pe coastele Marii Negre si Azov. Grecii au stabilit relatii pasnice cu multe dintre triburile locale pe baza schimbului comercial, care a adus beneficii uriase coloniilor, dar au existat si cazuri frecvente de ciocniri militare.
In secolele 7-3 I.HR., grecii au fondat o serie de asezari comerciale si agricole-colonii pe teritoriul asezarii ilirilor. Apoi comunitatea Hallstatt se dezintegreaza; se formeaza o cultura Latena Celto-tracica, ostila ilirilor. Celtii incep sa impinga ilirii din nord, iar grecii din est. Celtii i-au impins partial pe iliri, partial i-au supus asimilarii. In secolul al 3-lea i.HR., cand ilirii au intrat in conflict cu romanii, ei se aflau in cea mai mare parte in stadiul de descompunere a sistemului Gentil. Unii cercetatori considera ca albanezii moderni sunt descendenti ai vechilor iliri. Monumentele culturii ilire au fost pastrate in Austria, Albania, Italia, Macedonia, Serbia.
Exista posibilitatea ca dupa migratia din Carpati in Peninsula Balcanica, Indo—europenii apartinand haplogrupului R1a sa se asimileze cu triburile Paleobalkane locale ale haplogrupului I2a, rezultand formarea nationalitatilor tracice (cunoscute din surse scrise) (dominate de haplogrupul I2a cu un mic amestec de haplogrupul R1a); in acelasi timp, s-a format o noua limba pe baza limbii cuceritorilor, adica pe o baza Indo-europeana, dupa ce a absorbit unele caracteristici locale. Tracii sunt atribuiti de unii cercetatori haplogrupului R1b. Se disting 9 haplogrupuri de albanezi moderni: E1b1b1 (M35), J2 (M172), R1 (M173), I (M170), G (M201), K (M9, XP), J1 (M267), H1 (M52), E (xE1b1b1), ceea ce indica originea lor extrem de mixta. Un haplogrup este un grup de haplotipuri similare care au un stramos comun care are o mutatie mostenita de toti descendentii (de obicei un singur polimorfism nucleotidic). Termenul "haplogrup" este utilizat pe scara larga in genetica populatiei si genealogia genetica – stiinta care studiaza istoria genetica a omenirii, folosind studiul haplogrupurilor cromozomului Y (ADN-y), ADN mitocondrial (ADNmt) si haplogrupul HCG. Markerii genetici ai ADN-ului Y sunt transmisi cu cromozomul Y exclusiv prin linia paterna (adica de la tata la fii), iar markerii ADNmt sunt transmisi prin linia materna (de la mama la toti copiii). Astfel, barbatii sunt purtatori de markeri Y-ADN si mtDNA, iar femeile sunt doar mtDNA. Haplotipurile prin markeri autozomali sunt reprezentate atat la barbati, cat si la femei.