На глубине около 40 см обнаружили края соседних могил. Справа от могилы блаженной Марии Ивановны на глубине 1, 4 м было обнаружено захоронение, слева — край гроба на глубине 1, 6 м. Археолог Ю. А. Смирнов предположил, что могила может быть глубже, и раскопки продолжились. Бабушки — местные жительницы, наблюдавшие за раскопками, — рассказали, что по правую и левую стороны от могилы блаженной Марии были похоронены дивеевские сестры — монахиня Параскева Фомичева (умерла в 1949 году, похоронена справа) и монахиня Параскева Мешагина (умерла в 1953 году, погребена слева). Еще левее была похоронена монахиня Мария.
Слева от бетонного фундамента креста был найден истлевший кусок дерева — возможно, основание старого креста. К 18 часам на глубине 1, 7 м была найдена граница гроба. Здесь земля была очень рыхлая (по слову археолога, «все дышит»). Показалась другая граница могилы. Был найден кусок дерева в центре. На глубине 1, 9 м отпечатки на глине имели четкую форму гроба.
Раб Божий Георгий вспомнил, что, по словам старожилов, блаженная Мария преставилась между 9 и 10 часами вечера. В то же время, после расчистки верхней доски крышки гроба, были обнаружены честные останки блаженной старицы. 15 сентября в 115
ночи началось поднятие мощей и укладывание их в новый гроб, обитый белой тканью. Из могилы были извлечены и остатки гроба, днище которого находилось на глубине 2, 06 м. После извлечения всех фрагментов честных останков на месте захоронения была положена записка об изъятии мощей блаженной Марии и восстановлен могильный холмик.После того, как святые мощи были подняты, землю покрыл сильный туман. Но на ночном небе были четко видны звезды. Все зажгли свечи. Сестры запели «Се Жених грядет в полунощи...»
Около 4 часов утра священники вынесли на руках к воротам кладбища гроб со святыми мощами, которые на машине были доставлены в Серафимо-Дивеевский монастырь. Через полчаса матушка игумения с сестрами встретили святые мощи у ворот обители и небольшим Крестным ходом сопроводили их в храм Рождества Христова, где они были временно установлены для последующей их очистки от земли, просушки и облачения. Все присутствующие с благоговением приложились к новообретенной святыне.
Мария Ивановна вернулась в Дивеево святыми мощами через 77 лет после закрытия монастыря. Вскоре после этого руководитель раскопок московский археолог, сотрудник Института археологии РАН Юрий Александрович Смирнов на вопрос, есть ли сомнения в том, что были обретены мощи именно блаженной Марии Ивановны, ответил: «У меня сомнений нет. Тут все очень просто. Как равноапостольная Елена обрела Честное Древо, и от него сразу же пошли исцеления, так и здесь известны уже два или три случая исцеления монастырских работников от святых мощей блаженной Марии Ивановны. Прекратились боли в области сломанного ребра у одного сотрудника... другой, съев земельки из могилы Марии Ивановны, вылечил желудок».
Обретение святых мощей блаженных Пелагии и Параскевы Дивеевских
15-20 сентября 2004 года в Серафимо-Дивеевском монастыре были обретены святые мощи блаженных стариц Пелагии и Параскевы.
Из житий дивеевских блаженных известно, что они обе были похоронены у алтаря Троицкого собора: Пелагия Ивановна в 1884 году, а Параскева Ивановна в 1915 году. Для каждой при погребении был сооружен склеп. Сохранилось описание необыкновенного гроба, в котором была похоронена блаженная Пелагия Ивановна: «...положили ее в прекрасный кипарисовый гроб, весь украшенный херувимами, с выкаленными словами “Святый Боже, Святый Крепкий, Святый Безсмертный, помилуй нас” на крышке и “Со святыми упокой” — на гробе». О погребении блаженной Параскевы никаких сведений до нас не дошло.
Осенью 1990 года у алтаря Троицкого собора были произведены частичные раскопки. На основании исследований на могилах блаженных были установлены кресты.
15 сентября 2004 года в 4 часа дня был отслужен молебен «Перед началом доброго дела», после чего рабочие начали снимать дерн с могильных холмиков и вывозить его на тележках в парк. Руководитель раскопок археолог Ю. А. Смирнов принял решение начать раскопки на участке вокруг основания креста блаженной Пелагии. Когда холм над местом упокоения блаженной Пелагии сровняли, начали сносить холм и обкапывать основание креста на могиле блаженной Параскевы. Крест выкопали к 17 часам.
Был заложен участок раскопок: 5 м по направлению запад-восток; 3, 25 м по направлению север-юг. В его пределах стали снимать землю и вывозить ее в парк. Уже после снятия первого слоя земли на штык лопаты появилась кирпичная кладка в форме прямоугольника, напоминающая обкладку могилы. На восточной стороне кладки обнаружили углубление, заполненное обломками.