25 ноября 1938 г. Указом Президиума Верховного Совета СССР Н. И. Ежов был отстранен от должности наркома внутренних дел, а на его место назначен Л. П. Берия. 1-м заместителем наркома и начальником ГУГБ становится В. Н. Меркулов. Новым начальником Иностранного отдела назначен В. Г. Деканозов, лично известный Л. П. Берия и ранее работавший председателем Госплана Грузинской ССР. Заместителем начальника отдела назначается П. М. Фитин, всего три месяца назад окончивший Центральную школу НКВД СССР.
«Я, – вспоминал П. А. Судоплатов, – чувствовал себя подавленным. Жена также сильно тревожилась, понимая, что над нами нависла серьезная угроза. Мы были уверены, что на нас уже есть компромат, сфабрикованный и выбитый во время следствия у наших друзей. Но я все-таки надеялся, что, поскольку был лично известен руководству НКВД как преданный делу работник, мой арест не будет санкционирован.
В те годы я жил еще иллюзией, что по отношению к члену партии несправедливость может быть допущена лишь из-за некомпетентности или в силу простой ошибки, особенно если решение его участи зависело от человека, стоящего достаточно высоко в партийной иерархии и пользующегося к тому же полной поддержкой Сталина. <…>
Когда арестовывали наших друзей, все мы думали, что произошла ошибка. Но с приходом Деканозова впервые поняли, что это не ошибки. Нет, то была целенаправленная политика. На руководящие должности назначались некомпетентные люди, которым можно было отдавать любые приказания. Впервые мы боялись за свою жизнь, оказавшись под угрозой уничтожения нашей же собственной системой. Именно тогда я начал размышлять над природой системы, которая приносит в жертву людей, служащих ей верой и правдой. <…>
И тут произошло неожиданное. Собрание, назначенное на январь, которое должно было утвердить мое исключение из рядов партии, отложили. Вскоре Ежов, отстраненный от обязанностей народного комиссара еще в декабре минувшего года, был арестован. <…>
Я по-прежнему считаю Ежова ответственным за многие тяжкие преступления – больше того, он был еще и профессионально некомпетентным руководителем. Уверен: преступления Сталина приобрели столь безумный размах из-за того, в частности, что Ежов оказался совершенно непригодным к разведывательной и контрразведывательной работе.
Чтобы понять природу ежовщины, необходимо учитывать политические традиции, характерные для нашей страны. Все политические кампании в условиях диктатуры неизменно приобретают безумные масштабы, и Сталин виноват не только в преступлениях, совершавшихся по его указанию, но и в том, что позволил своим подчиненным от его имени уничтожать тех, кто оказывался неугоден местному партийному начальству на районном и областном уровне. Руководители партии и НКВД получили возможность решать даже самые обычные споры, возникавшие чуть ли не каждый день, путем ликвидации своих оппонентов.
Конечно, в те дни я еще не знал всего, но, чтобы иметь основания опасаться за свою жизнь, моих знаний было достаточно. Исходя из логики событий, я ожидал, что меня арестуют в конце января или в крайнем случае начале февраля 1939 г. Каждый день я являлся на работу и ничего не делал – сидел и ждал ареста».
А тем временем в конце 1938 – начале 1939 г. активизируется сотрудничество германских и эстонских спецслужб. Бывший начальник 2-го отдела эстонского Генерального штаба (военная контрразведка) полковник Маасинг прибывает в Германию для координации совместной разведывательной работы. Контрразведка армии и политическая полиция Эстонии фактически превращаются в заграничные филиалы абвера. В. Канарис и начальник абвер-I (разведка) Г. Пикенброк посещают Эстонию, где проводят инструктаж по разведывательной и диверсионной деятельности против СССР. Начинается совместная работа абверовцев с их эстонскими коллегами по заброске на территорию СССР разведывательно-диверсионных групп. Канариса особо интересует информация о численности и типах самолетов советских ВВС. Советское правительство принимает решение о закрытии консульств Германии во Владивостоке, Ленинграде, Новосибирске, Киеве, Одессе, Тбилиси и Харькове.
А в Организации украинских националистов происходили значительные изменения, связанные с гибелью Е. Коновальца. Со второй половины 1938 г., когда у руля ОУН встал бывший полковник Сечевых стрельцов А. А. Мельник, расширились контакты между ОУН, с одной стороны, и абвером и СД – с другой. Спецслужбы нацистской Германии усиленно работали с украинскими националистами на перспективу. Гитлеровцы видели в оуновцах прежде всего «пятую колонну», способную дезорганизовать польский тыл при начале боевых действий.