Руководителями штабов партизанского движения стали: П. К. Пономаренко (первый секретарь ЦК Компартии Белоруссии) — начальник Центрального штаба партизанского движения при Ставке Верховного Главнокомандования, Т. Л. Строкам (НКВД) — Украинского, С. С. Бельченко (НКВД) — Западного, П. З. Калинин (второй секретарь ЦК Компартии Белоруссии) — Белорусского, С. Я. Вершинин (НКВД) — Карело—Финского, М. Н. Никитин (секретарь Ленинградского обкома) — Ленинградского, А. П. Матвеев (первый секретарь Орловского обкома) — Орловского (Брянского) и др.[146]
Создание представительств Центрального и республиканских штабов партизанского движения при Военных Советах фронтов и армий завершило образование системы гибкого руководства партизанским движением.
До осени 1942 года руководство Центрального штаба партизанского движения представляло коллегию в составе начальника штаба и двух его членов. Это были представители руководящего партийного органа, НКВД и ГРУ.[147]
Представителем от органов госбезопасности был В. Т. Сергиенко.[148]Коллегиальность руководства в штабах партизанского движения мотивировалась необходимостью концентрации опыта партийных и специальных органов в вопросах организации партизанского движения, подпольной борьбы, конспирации, связи и т. д., а так же опыта борьбы с проникновением в партизанские отряды и подпольные организации агентов гитлеровских спецслужб.
Кроме того, имелось в виду, что подобный состав коллегии будет способствовать наиболее целесообразному использованию обширной разведывательной информации партизан. Однако очень быстро практика работы показала, что эффективное решение этих задач успешнее достигалось не формальным представительством, а тесной связью и взаимопониманием штабов партизанского движения и соответствующих отделов и управлений органов безопасности и разведки, которые имели место в течение всей войны. Поэтому коллегиальное руководство было упразднено.[149]
С первых дней существования перед штабами партизанского движения встали вопросы организации партизанских сил, тактики и техники их борьбы, а также практические вопросы налаживания связи, материально—технического и боевого снабжения, медицинского обслуживания и многие другие. Самой важной задачей для них стало быстрейшее освоение накопленного партизанами и подпольщиками опыта борьбы с гитлеровскими оккупантами.
Как правило, начальники штабов партизанского движения являлись членами Военных Советов фронтов, что обеспечивало координацию действий партизанских формирований с регулярными частями Красной Армии. Соответственно роль чекистов, возглавляющих эти штабы, приобретала дополнительные функции. При их непосредственном участии разрабатывались оперативные мероприятия по активизации партизанских действий в прифронтовой зоне; партизанские отряды снабжались продовольствием, вооружением и медикаментами; увозились раненые партизаны из зоны действий партизанских формирований.[150]
Штабы партизанского движения принимали порой и болезненные решения, поддерживая дисциплину и борясь за чистоту партизанских рядов. Например, приказ № 01 от 7 октября 1942 года, подписанный командующим Калининским фронтом генерал—полковником Пуркаевым и членом Военного Совета фронта, представителем Центрального штаба партизанского движения С. С. Бельченко, положил конец крупному партизанскому соединению «Батя», в котором имелись случаи пьянства и мародерства среди командного и рядового состава.
С созданием штабов партизанского движения как управляющих и координирующих органов была начата и внутренняя реорганизация ряда партизанских формирований. Она состояла в том, что партизанские бригады должны были быть усилены представителями чекистских органов и превращались в самостоятельные боевые единицы с непосредственным подчинением представительству Центрального штаба партизанского движения при Военных Советах фронтов.[151]
Таким образом, с созданием центральных органов руководства партизанским движением был преодолен ряд важных недостатков и проблем начального периода войны: достигнута необходимая координация действий партизанских формирований различных типов; решены многие организационные и технические проблемы; была обеспечена более тесная и оперативная связь с армейским руководством; достигнута необходимая территориальная концентрация партизанских сил. В решении всех этих задач активно участвовали и чекисты. Органы государственной безопасности СССР не только оказывали различную помощь Центральному и местным штабам партизанского движения, но и принимали непосредственное участие в повышении качества работы по организации и управлению партизанским движением.
Было бы неправильно не сказать и о деятельности в этом направлении армейской разведки. В августе 1941 года при разведотделе штаба Западного фронта была создана войсковая часть Особого назначения с кодовым номером 9903.[152]
Возглавил ее Артур Карлович Спрогис, имевший богатый чекистский опыт.