Исследование показало, что органы госбезопасности СССР оказались наиболее организованными и дееспособными в работе на оккупированной советской территории, что явилось следствием целенаправленной подготовки к этой борьбе еще в 1930-х годах. Несомненная заслуга в теоретическом обосновании борьбы в тылу противника принадлежала М.В. Фрунзе и Ф.Э. Дзержинскому. Под их руководством в период их государственной деятельности была развернута серьезная работа по написанию пособий по тактике партизанской борьбы и по созданию особых партизанских школ, а также приобретению специальной техники и вооружения для партизанских формирований. С конца 1920-х годов стали разрабатываться и совершенствоваться мобилизационные планы, создавались продовольственные и оружейные базы, привлекались и обучались кадры. Многие будущие народные мстители прошли боевое крещение во время Гражданской войны в Испании. Знаменательно и то, что за все годы Великой Отечественной войны не погибло ни одно партизанское формирование, возглавляемое командирами, прошедшими довоенную подготовку в спецшколах ОГПУ и Разведывательного управления Генштаба Красной Армии.
Смена военной концепции и последующие вслед за нею репрессии в середине 1930-х годов в отношении сторонников «малой войны» во многом свели на нет проделанную ранее работу. Согласно новой концепции, разработчиком которой принято считать маршала К.Е. Ворошилова, военные действия на территории СССР не допускались и при любом раскладе сил должны были вестись на территории противника, причем «малой кровью». Это явилось стратегической ошибкой. Сторонники партизанской борьбы были объявлены пораженцами и многие из них были репрессированы в 1937 году. Данная военная концепция в большей мере была явлением политическим, нежели военным. Руководство страны давало своему народу радужные надежды на то, что война если и будет, то не на территории Советского Союза.
Участие органов государственной безопасности в Великой Отечественной войне регламентировалось Основным законом государства — Конституцией СССР 1936 года, правовыми актами высших органов государственной власти и управления, а также ведомственными нормативными актами. Анализ нормативно-правовых документов, регулирующих деятельность органов государственной безопасности в тылу противника, являющуюся составной частью борьбы советского народа, твердо позволяет сделать вывод о ее правомерности.
Оперативная обстановка существенно влияла и на конкретное содержание и формы деятельности органов госбезопасности на оккупированной советской территории.
В этой сфере выделялись несколько основных направлений: организация разведки и контрразведки, диверсионной работы, проведение специальных боевых операций в тылу врага.
Следует особо отметить, что оперативная обстановка зависела от оккупационного режима в различных областях занятой гитлеровцами советской территории. Наиболее жесткий оккупационный режим наблюдался в Белоруссии, западных областях РСФСР и на Украине. На особом положении находились страны Прибалтики, население которых в меньшей степени оказывало вооруженное сопротивление немецким захватчикам.
Гитлеровские спецслужбы активно действовали на оккупированной территории, на которой между ними и органами государственной безопасности СССР развернулась жесткая борьба. Фашистам на первом этапе войны удалось захватить инициативу в свои руки благодаря более тщательной подготовке своих акций, успехам вермахта на фронте и слабому противодействию советской стороны. Военно-политическая работа оккупантов была направлена на дезориентацию мирного населения, которому внушалась мысль о неизбежности победы фашистской Германии и бесполезности сопротивления нацистам. Немецкие пропагандисты утверждали в своих выступлениях, что война ведется не против русского народа, а с коммунистическим режимом.
В 1941 году немецко-фашистские захватчики видели роль населения России лишь в экономической поддержке оккупантов, в 1942 году стали создаваться охранные отряды, национальные и добровольческие легионы, куда призывались мирные жители и военнопленные. В 1943 году гитлеровцы предприняли попытку развязать на территории России новую гражданскую войну, для этого ими противопоставлялись народ и его руководство. На всем протяжении оккупации захватчики доказывали, что война, которую ведут Красная Армия и партизаны, есть борьба не за свободу отечества, а за сохранение сталинского режима.