Ни один из Шуйских не поехал вместе с другими боярами в Тулу присягать Лжедмитрию. Лишь в Серпухове Дмитрий Шуйский и Федор Мстиславский встречали самозванца.
20 июня 1605 г. самозванец торжественно въехал в столицу. Вот тут бы Василию Ивановичу выйти ему навстречу и торжественно объявить, что де злодей Борис заставлял его молчать четырнадцать лет, что он сам хоронил в Угличе подставного ребенка и т.д. Однако Василий этого не сделал, его вообще не было среди встречающих.
23 июня по приказу Лжедмитрия были арестованы Василий Шуйский и его два брата. К Петру Басманову, которого самозванец поставил ведать политическим сыском, пришло несколько доносов на Василия Ивановича Шуйского. Шуйский якобы говорил: «Черт это, а не настоящий царевич! Не царевич это, а расстрига и изменник!» По другой версии, Шуйский даже пытался устроить государственный переворот. Во всяком случае, никаких конкретных обвинений, предъявленных В.И. Шуйскому, до нас не дошло.
Подойдем к «заговору» Шуйских с точки зрения здравого смысла. Какая-то вероятность успеха у Шуйских могла быть, когда самозванец находился еще в Туле. Но сейчас, когда он торжественно встречен в Москве народом, в самый разгар эйфории, охватившей столицу, поднимать мятеж? Это было бы равносильно самоубийству, а Шуйских неумными никто и не считал. Вполне логично было бы им подождать, пока пройдут торжества, уляжется эйфория, народ не только не почувствует облегчения, а наоборот, ощутит новые тяготы. Самозванцу же придется платить по счетам польским наемникам, Мнишку, купцам, польскому королю и т.д. Уплата же даже части этих долгов неизбежно должна была вызвать народное возмущение и, соответственно, падение самозванца. Так был ли резон Шуйскому спешить с организацией переворота, а тем более заниматься пустой болтовней о расстриге?
Отсюда явствует, что Димитрий устроил провокацию против клана Шуйских. Тогда возникает вопрос: а зачем? Пока народ считает Отрепьева царем, никакие Шуйские не конкуренты сыну Ивана Грозного, а если выяснится, что на престоле беглый монах, то на престол может претендовать любой князь Рюрикович, а их в Московском государстве были десятки. Скорее всего, Димитрия на расправу с Шуйскими подтолкнули бояре, видевшие в них конкурентов.
Кому же мог встать на дороге клан Шуйских? Годуновы были мертвы или находились под стражей в отдаленных городах. Остаются Романовы.
Был резон пугнуть Шуйского и у Гришки Отрепьева. Он не боялся встречи с теми, кто знал царевича Димитрия и инока Григория. Большинству он показывал большой пряник, а другим доставался кнут. А тут главный свидетель молчит, словно воды в рот набрал. В народе о красноречивом молчании Василия Ивановича уже пошли дурные толки.
Димитрий предал Василия Шуйского суду специально созванного собора, на котором присутствовали бояре, думные дворяне и духовенство. Собор был собран 24 июня, то есть на следующий день после ареста Шуйских. На соборе сам царь выступил с обвинением Шуйских. Он напомнил, что в роду князей Шуйских всегда были крамольники и что «отец» его Иван Грозный семь раз приказывал казнить изменников Шуйских, а «брат» Федор наказал брата Василия Шуйского также за измену. Фактически Лжедмитрий отказался от версии большого заговора. Трое братьев Шуйских лично хотели совершить террористический акт, «...подстерегали, как бы нас заставши врасплох, в покое убить, на что имеются несомненные доводы». Лжедмитрий уверял, что имеет неоспоримые доказательства вины Шуйских, и поэтому никакого разбирательства, допроса свидетелей и других формальностей на соборном суде не было.
Однако Димитрию пришлось встретиться с сильной оппозицией в Боярской думе. Формально бояре «кричаху» на братьев Шуйских, но все же они были против смертной казни. Что же касается Димитрия, он и не собирался казнить Шуйских, и процесс о покушении на царя превратился в фарс. На соборе Василий Шуйский покаялся во всех приписанных ему преступлениях. «Виноват я тебе... царь-государь: все это я говорил, но смилуйся надо мной, прости глупость мою!», — говорил Шуйский. Он просил патриарха и бояр сжалиться над ним и просить за него царя. Собор осудил Василия Шуйского на смерть, а его братьев приговорил к пожизненному заключению. Казнь боярина была назначена на следующий день.
Утром 25 июня Василия Шуйского вывели на Красную площадь, где собралась многотысячная толпа горожан. Боярин был взведен на эшафот, где ему зачитали приговор и перечислили его преступления. По одним сведениям, Василий, стоя у плахи, плакал и молил о пощаде: «От глупости выступил против пресветлейшего великого князя, истинного наследника и прирожденного государя своего», взывал к народу: «...помилуйте меня от казни, которую заслужил». Подругой версии, он просто простился с народом, объявив, что умирает за правду, за веру и народ христианский.
Шуйский уже положил голову на плаху, как из Кремля выехал гонец, объявивший, что царь Димитрий помиловал осужденного.