Ближайшие годы были ознаменованы гибелью новых и новых жертв. Ряды членов царствующего дома становились все реже и реже. Смерть делала свое дело. Она косила одного за другим точно по намеченному плану, причем порой эта страшная работа окутывалась непроницаемым покровом тайны. В 1591 году сошел со сцены последний представитель дома Рюрика, младший брат Федора, царевич Дмитрий. Был ли он убит, или, спасаясь от смерти, бежал куда-то из Углича — дело темное. Ниже мы еще вернемся к этому вопросу. В 1594 году Кремль постигла особенно тяжелая утрата. Как известно, царица Ирина уже несколько раз преждевременно разрешалась от бремени. Это давало повод к самым пессимистическим предсказаниям. И, однако, вопреки им, у государыни родилась наконец дочь, нареченная при крещении Феодосией. Этот «дар Божий» принес родителям больше горя, нежели радости. Ребенок оказался хилым и скоро из колыбели его перенесли в могилу. Надежды семьи были разбиты. Между тем слабое здоровье Федора заставляло опасаться преждевременного конца. Эти страхи оказались не напрасными. В 1598 году скончался и сам царь. В его лице сходила со сцены историческая династия Рюрика. Престол московский оставался вакантным. Наступал поворотный момент русской истории.
Смутное предчувствие великих бедствий начинало овладевать умами русских людей. Благочестивые книжники с тревогой взирали на будущее и призывали народ к горячим молитвам. Зоркие посторонние наблюдатели уже давно предвидели гибель династии; роль, которую судьба готовила Годунову, угадывалась при этом сама собой. Хотя Флетчер в 1588–1589 гг. провел в Москве всего несколько месяцев, он отлично сумел понять то критическое положение, в котором находилось государство. «По-видимому, — говорил он еще при жизни Федора и Дмитрия, — царствующий дом скоро прекратит существование». Он видел, что страна уже охвачена смутой, что ее терзают неурядицы; все это, в глазах Флетчера, было следствием тирании Ивана IV. Во всяком случае, подобное зрелище отнимало у него всякую надежду на благополучный исход, так что с уверенностью настоящего ясновидца он видел вдали «пламя междоусобной войны». Эти предчувствия вполне разделял представитель Рудольфа II при московском дворе и тонкий дипломат бурграф Дона. Он заявлял в своих донесениях, что Годунов бесконтрольно управляет Русским государством и явно мечтает о короне. Поэтому в Вене господствовало убеждение, что всемогущий правитель сумеет в должный момент завладеть царской властью, присвоив ее либо себе самому, либо сыну. Вот почему, учитывая эту возможность, венский двор обращался к Годунову с изъявлениями дружбы и предлагал ему заключить союз для борьбы с турками.
Надо заметить, впрочем, что сами обстоятельства слагались удивительно благоприятно для Бориса. Годунов неуклонно стремился занять первое место среди бояр. Его успехи на этом поприще шаг за шагом приближали к трону. Борис сумел приобрести небывалый престиж; постепенно он поднялся на высоту, совершенно недоступную для остальных. Одними своими пышными титулами он затмевал всех других придворных. Из простого опричника он превратился в конюшего и ближнего боярина, воеводу царского двора, наместника царства Казанского и Астраханского и наконец правителя государства. Разумеется, он постарался придать всем этим громким званиям реальную силу. Годунов занимал в Кремле совершенно исключительное положение. Ни одно дело не миновало его; он был источником всевозможных милостей. По словам Флетчера, он был настоящим «императором». Между прочим, ему принадлежало небывалое доселе право: он мог непосредственно сноситься с иноземными державами — с крымским ханом, с кесарем, с каким угодно государем. При этом Борис явно стремился подчеркнуть свои прерогативы. Он окружил себя пышным этикетом; держал на почтительном расстоянии от себя прежних своих сослуживцев; присваивал себе самые высшие знаки отличия. На его приемах у иностранных послов естественно рождался вопрос: не царь ли дает им аудиенцию? Они видели перед собой те же вереницы бояр, те же роскошь, блеск и пышность церемониала. Речи Бориса довершали иллюзию; он явно давал понять, что сносится с государями, как равный с равными, и старался показать, что к голосу его внимательно прислушиваются за границей. Политическим успехам Годунова соответствовал рост его богатства. Никто из бояр не мог равняться с ним своими доходами; он был самым крупным земельным собственником государства. Словом, это был настоящий царь; ему недоставало лишь одного — народного признания. Но Годунов сумел добиться и этого, и восторженные клики его сторонников заглушили робкий протест оппозиционных элементов.