Съемки фильма начались 29 марта в 12 часов дня по московскому времени в 3-м павильоне «Мосфильма», где руками декораторов была выстроена декорация «класс». Как это часто бывает в кино, снимать начали совсем не с первых кадров, где профессор Волосюк выводит Нестора на свежий воздух (их снимут чуть позже). А с эпизода знакомства Нестора Петровича с шебутным 9-м «А». Помните, новый учитель представляется: «Меня зовут Нестор Петрович», а Ганжа хохмит: «Как, как?» Затем Коровянская (Нина Маслова) докладывает новому учителю о том, кто отсутствует. Несмотря на то, что съемки продолжались до девяти вечера, в тот день сняли всего лишь четыре кадра — 35 метров пленки. Зато на следующий день — 30 марта — работа пошла куда живее. Сняли кадры, где Нестор Петрович входит в класс, а девятиклассники принимают его за своего коллегу — новенького ученика.
30 марта съемки продолжились. Тогда сняли начальные кадры появления Нестора Петровича в классе: он входит в дверь, а на пути у него стоят ученики, о чем-то оживленно между собой разговаривающие. «Здравствуйте!» — приветствует их Нестор. «Ну, здорово, здорово. Проходи», — невозмутимо реагируют те, думая, что это очередной новичок-одноклассник. И только когда Нестор проходит к учительскому столу и снова приветствует класс, до учеников наконец доходит, кто перед ними. В этот же день был запечатлен на пленку эпизод, где Ганжа, услышав по радиоприемнику, что советские хоккеисты забили гол, вскакивает из-за парты и орет что есть мочи «Го-о-ол!». За что Нестор Петрович выгоняет его из класса.
31 марта сняли один из самых смешных эпизодов фильма, где Ляпишев просит Нестора Петровича перевести его учиться в первую смену, сопровождая эту просьбу словами, ставшими классическими: «Ходишь в школу, ходишь, а потом — бац…»
3 апреля снимали эпизоды, где Ганжа на уроке спрашивает Светлану Афанасьевну: «А я вам нравлюсь?» — на что та отвечает: «Ганжа, вы мне понравитесь только тогда, когда будете хорошо учиться». Сняли также сцены: Светлана Афанасьевна признается Нестору, что она жена Ганжи; Нестор, будучи в забытье, спрашивает у класса: «Когда я в первый раз поцеловал Полину?»
4 апреля съемки в «классе» продолжились: Нестор Петрович объявляет Ляпишеву, что теперь тот может ходить в школу в первую смену; Нестор просит Нелли Ледневу (Светлана Крючкова) снять с головы кепочку, а та противится: дескать, дамам в помещении можно. Евгения Леонова, который играет в фильме ее папу, на съемках пока нет, поэтому его часть эпизодов снимут позже.
Между тем в самый разгар работы — 5 апреля — на съемочную группу обрушилась неожиданная весть: от роли Петрыкина внезапно отказался Виктор Павлов. Его утвердили на худсовете еще 31 января, после чего на актера были сшиты костюмы. И вдруг — отказ. Для группы это было настоящим ударом, поскольку именно на эти дни намечались съемки эпизодов с участием Павлова. Но ввиду его отказа пришлось спешно искать другого исполнителя, а пока снимать другие эпизоды в декорации «класс». Так, 5 апреля сняли сцену, где милиционер (Лев Дуров) блещет знаниями на уроке географии (показывает на карте город Киркинес) и на уроке литературы (рассказывает о романе «Обломов»). В тот же день сняли сцену свидания арестованного Ганжи и Светланы Афанасьевны.
6–7 апреля съемки в декорациях «класс» и «школьный коридор» были продолжены.
10 апреля в тех же декорациях сняли то, как Нестор Петрович заснул на уроке, и другие эпизоды.
11 апреля на съемочной площадке впервые объявился исполнитель роли Леднева Евгений Леонов, который до этого был занят в театре. Месяц назад он был удостоен высокого звания народного артиста РСФСР и поэтому пребывал в отличном настроении. Кстати, на экране это хорошо видно. В тот день сняли эпизод со шляпкой Нелли Ледневой: Нестор Петрович просит ученицу снять ее, та упрямится, после чего учитель грозит ученице: «Иначе я вынужден буду вызвать в школу ваших родителей». Тут к ним подходит Леднев. Что было дальше, читатель, надеюсь, помнит: «сними кепку» — «я папа» — «чей папа?» и т. д. Также сняли эпизод, где Леднев пеленает ребенка, заявляя: «Я сам был мать!» — и то, как он пишет сочинение на тему «На кого я хочу быть похожим?» (он хочет — на министра легкой промышленности).
В тот же день, 11 апреля, впервые на съемках объявился и Савелий Крамаров. Его отсняли в эпизодах, относящихся к следующим сериям: когда в классе возникает спор о том, как помочь Нестору Петровичу, и кто-то в шутку предлагает его усыновить, герой Крамарова бросает реплику: «Ребята, лучше меня усыновите, я вам дешевле обойдусь». Сняли также эпизод, где Леднев лезет в класс через окно и за этим занятием его застают учителя. Также сняли сцену, где Нестор просыпается на уроке и слышит шум в коридоре — идет перемена.
12–13 апреля в декорациях «класс» и «коридор» снимали эпизоды из второй серии: Коровянская отвечает урок спящему Нестору Петровичу.