Сквозь всю повесть проходит мотив уничтожения: дворец разоряется вселившейся туда детской колонией, святые мощи оборачиваются костью, вместо креста является черный рог, и человек превращается в обезьяну. В зачине повести символом уничтожения становится погибающая от рук человеческих природа — чистик или моховое болото — «мать великой русской реки» и «славного водного пути из варяг в греки». Под тем же углом зрения, что и в дневнике, в повести художественно исследуется проблема взаимоотношений человека и природы, господства над природой и овладения человеческой природой. В зачине повести природа и история объединяются в некую систему, образующую единство природы, страны, родины: уничтожение рек и лесов обращает «страну в пустыню». Образ родины несет на себе печать трагического разделения на плоть и дух («она мне изменяет, душу свою чистую отдает мне, а тело другому, не любя, презирая его, и эта блудница — раба со святою душой — моя родина»); и в повести актуализируется принцип жизни («Я живой человек и хочу жить с ней, видеть ее простыми глазами»), причем метафизический характер трагедии пренебрежения жизнью и ее значимость подчеркиваются акцентом на первую часть евангельского моления о чаше («и сам Распятый просил, чтобы миновать ему эту чашу, и ему даже хотелось побыть»).
Немота лирического героя повести разрешается молитвой о сохранении самого простого, без чего, однако, невозможна истинная свобода («В день грядущий, просветли, Господи, наше прошлое и сохрани в новом все, что было прежде хорошего, леса наши заповедные, истоки могучих рек, птиц сохрани, рыб умножь на много, верни всех зверей в леса и освободи от них душу нашу»).
В «Мирской чаше» человек и «обезьяна» (и «идейная», и «родная русская лесная обезьяна») противопоставляются как представители культуры и цивилизации. Цивилизованной «обезьяне», которая «тащит себе в гнездо творения культурные себе на пользу», противостоит человек «иной жизни», человек культуры, который едет «спасти несколько книг и картин, больше ему ничего не нужно, и за это дело он готов зябнуть, голодать и даже вовсе погибнуть; есть такой на Руси человек, влюбленный в ту сторону прошлого, где открыты ворота для будущего». Это его душа — мирская чаша, в которой есть пища для всех вокруг. Появляется в повести и знакомый по дневнику образ: «свежие всходы озими», а также неожиданно высокие деревья на вырубке, которые оставляют «для обсеменения запущенной земли».
Смысл революции и гибель гуманистической культуры осмысляются в дневнике онтологически. Решается вопрос о способе бытия: быть в Слове, в Духе или просто быть — в процессе жизни. Само явление Слова (Логос) вносит в природу смерть как отрицание принципа жизни. По этому вопросу Пришвин вступает в полемику с идеями Розанова, выраженными им в книге «У стен града невидимого» (1906) («Сущность… христианства определилась как поклонение смерти, как трепет и ужас, а вместе и тайное влечение к Смерти-Богу»). По Пришвину, человек, сказавший «Я есмь», выпал из родовой жизни; явление христианской личности неприродного порядка, изменяющее саму природу. Этот новый неприродный порядок, создающий новое качество мира, прорастает сквозь «родовые оковы», «в сердце женщины избирающей». Свобода выбора того, кто «по душе», становится условием свободы творчества нового человека — индивидуальности. А целомудрие, стыдливость, девственность обнаруживают свое новое назначение — «выгадывание времени для выбора того, кто „по душе“» («пришел человек и сказал: „Я выхожу не от мира сего… Я есть то, что отделяет вас от обезьяны, которая создает себе подобных путем подражания, а Я создаю путем изменения самой природы“»).
Отныне Пришвин включает природу в борьбу за бессмертие и за личность, то есть смотрит на нее с позиции ее новой онтологической роли в бытии. Именно в начале 20-х гг. Пришвин обращается к охоте как способу жизни, связанному с его главным делом — писательством; в опыте Пришвина охота становится узлом, вновь связывающим жизнь со словом, природу с культурой. В 1921 г. на охоте он записывает: «Прислушаешься, и долетает иногда колокольный звон жизни», «Религиозное чувство есть продолжение чувства природы». С интуицией жизни связано возрождение религиозного чувства («Творческим порывом жизни Я сливается с духом», «Вера есть сила жизнетворчества»).