В своем рапорте Совету Православного миссионерского общества, составленном в 1878 году, о. Николай подробно описывает результаты, достигнутые за шесть лет с момента, когда в Японии на постоянной основе была начата проповедь. Он перечисляет приходы по всей Японии с именами священников и количеством верующих, учащихся семинарии и женской школы, как их зовут и откуда они родом, какое жалованье получают проповедники и т. д. Упоминается там и иконописица Рин Ямасита, в последнее время пользующаяся вниманием в Японии. Подробно описаны также связи с российскими организациями, поддерживавшими миссионерскую деятельность, количество пожертвований и т. д. Таким образом, это документ, в котором зафиксированы самые основные факты о состоянии Японской Православной Церкви в начале эпохи Мэйдзи.
Из этого рапорта также хорошо видно, что проповедническая деятельность с самого начала осуществлялась о. Николаем и японскими катехизаторами. Именно трудами этих катехизаторов Православная Церковь смогла увеличить количество своих верующих, обойдя протестантов и заняв второе место после католиков.
Бывали и такие случаи, когда юноша, в семинарии учившийся плохо, отправившись в деревню помощником катехизатора, сумел тронуть своей проповедью деревенского старосту, который затем под его руководством принимал крещение. В своем Рапорте о. Николай с большой теплотой и даже с гордостью рассказывает о таких учениках.
Читая этот бесхитростный рапорт, можно получить живое представление о том, как в Японии начала эпохи Мэйдзи русский миссионер о. Николай и молодые японские катехизаторы, вместе трудясь над созданием новой общины, отдавали все свои силы проповеди, делили друг с другом скорби и радости.
Японская Православная Церковь, неразрывно связанная с Россией, находилась в невыгодном положении еще и потому, что не могла использовать в интересах своей проповеди тот интерес и восхищение, которые японцы питали к западноевропейской культуре. Кроме того, Японская Церковь должна была пройти и такое суровое испытание, как русско–японская война. И то, что несмотря на все это, она ничуть не уступала в своем развитии другим церквям, можно отнести за счет того, что из–за малочисленности русских миссионеров с самого начала основная тяжесть проповеднической деятельности легла на плечи японцев, из числа которых впоследствии выбирались и кандидаты в священнослужители.
В 1910 году количество православных верующих увеличилось до 31 тысячи человек. В период Мэйдэи больше всего их было на севере Японии — на о. Хоккайдо и в районе Тохоку. В настоящее время из 74 православных приходов, существующих на территории Японии, около 30 находятся именно на Хоккайдо и в Тохоку (большинство этих приходов существует с эпохи Мэйдэи), что также говорит о том, что концентрация православных японцев всегда была больше всего на севере страны.
Говоря о православных верующих на Хоккайдо, нельзя забывать о православных айнах, которые после заключения Договора об обмене Курильских островов и Сахалина (1875) были насильно переселены японским правительством с прилегавшего к российской территории о. Шумшу на о. Шикотан. О. Николай отправлял на Шикотан катехизаторов, протягивая таким образом этим айнам руку помощи, как духовной, так и материальной. «Айны — мирный и благочестивый, но далекий от земных дел и от земного счастья народ. Боголюбивые братья и сестры, помогите верующим на Шикотане!» — статьи с такими воззваниями можно часто встретить в выпусках «Вестника Японской Православной Церкви» в середине 1880–х годов. Есть упоминания, что о. Николай плакал, слушая от катехизаторов рассказы о положении на Шикотане. И японские христиане, узнав о плачевном состоянии православных айнов на Шикотане, живо откликнулись на призыв о. Николая оказать материальную помощь своим братьям по вере.
С конца июля по начало августа 1898 года о. Николай вместе с архимандритом Сергием (Страгородским) объезжал приходы южной и восточной частей Хоккайдо, а 13 августа посетил приход айнов на о. Шикотан. Записи об этом путешествии есть и у архимандрита Сергия в его дорожных заметках «По Японии» (1903), и у о. Николая в его Дневнике. Процитируем здесь место из Дневников, где описана сцена расставания с островом.
«Дали им окончательное благословение и простились с ними. Всей толпой они проводили нас до шаланды, в весла которой сели по–прежнему девицы и молодые люди; первые в своих хороших платьях, в которых были в церкви, не успев переменить их. С напевом — сначала альтами, потом дискантами — мелодично грустным и с видимым одушевлением и усердием они скоро доставили нас на пароход и здесь еще раз простились и приняли благословение. Грустно мы расстались с ними. Добрый отломок это знаменитой Церкви Иннокентия, славного нашего миссионера» (1/13 августа 1898 года).