О. Николай не был согласен с вестернизацией японского образования. Уже в своей статье «Япония и Россия», опубликованной в журнале «Древняя и новая Россия» в 1879 году, он пишет: «Буддизм — самая глубокая из языческих религий, и конфуцианизм — высшая из языческих нравственных философий. Многими прекрасными нравственными качествами, конечно, японцы обязаны этим двум своим педагогам». Кроме того, несмотря на то, что буддизм и конфуцианство проникли во все уголки японского общества, «не умерло и национальное учение — синтуизм: оно нейтрализировало почву для самостоятельных умов Японии, которые, без злобы и зависти видя разлив по стране иностранных учений, нашли возможным отстоять против них и свои убеждения, показав чрез то, что иностранные учения не безусловно хороши и не вполне удовлетворяют Японскому духу. В самом деле, Синту именно оказал великую услугу Японии тем, что он не дал слиться буддизму и конфуцианизму с Японским духом».
О. Николай был, пожалуй, единственным христианским миссионером, обладавшим в эпоху Мэйдзи таким глубоким пониманием Японии.
Существует еще один важный момент: о. Николай был все–таки русским миссионером и, в отличие от протестантских и католических миссионеров из Европы и Америки, принадлежал к миру православия, которое еще сохранило в себе действительную религиозную сущность. Христианская вера, которую он проповедовал, вероятно, была близка «японскому духу» эпохи Мэйдзи с его остатками средневекового мироощущения.
«Японцы, кажется, и обнаруживают наклонность именно к православию. Не нравится им гнет католичества. […] Не нравится японцам и протестантство. Протестантство, давая лишь библию в руки, но предоставляя каждому понимать ее как угодно, не может удовлетворить их религиозной жажды», — пишет о. Николай (Япония и Россия. — Древняя и новая Россия, ноябрь 1879 г.).
Как русский человек, приехавший в Японию уже в зрелом возрасте, о. Николай, естественно, делает о Японии различные наблюдения и сравнивает ее с Россией. Например, в работе «Япония с точки зрения христианской миссии» (1869) он пишет, что Япония — не страна «восточной тупости и неподвижности», как ее представляют в России; что в Японии не наблюдается «абсолютный деспотизм сверху и безответное раболепство снизу, невежество, отупение и вместе с тем невозмутимое самодовольство и гордость»; что «деспотами, в том смысле, какой мы привыкли соединять с этим словом, [японские] императоры никогда не были»; что «образование здесь разлито почти равномерно по всем слоям народа» и т. д., предлагая таким образом свои представляющие большой интерес наблюдения о Японии в сравнении с Россией.
В другом месте, узнав в процессе изучения японской истории, что с эпохи Муромати фактическая власть перешла от императоров к сёгунам, о. Николай, словно обнаружив что–то редкое и необычное, пишет: «Япония, не задумываясь долго, создала себе новую форму правления. Вышло нечто очень оригинальное: император, по–видимому, продолжал быть тем же императором; титулы и почести на словах и в книгах остались за ним, но власть перешла к более живым и сильным деятелям — сёогунам» («Япония с точки зрения христианской миссии»),
В дневниковых записях также часто встречаются сравнения Японии с Россией. Так, во время поездки по Дзёсю о. Николай сравнивает японских соловьев со своими родными, причем в пользу последних: «По окраине дороги — внизу, в мочевине
[1], много тальника, любимое местопребывание для соловьев, и сколько же зато их здесь! Жаль только, что они не так хорошо поют, как наши, например курские», — или, сравнивая японских и русских ямщиков, пишет, что в Японии они «не такие нахальные» (7/19 мая 1881 года).Делал он и крупномасштабные сравнения Японии и России. Например, точка зрения о. Николая, изложенная в Дневнике от 20 мая/2 июня 1905 года, где он сопоставляет морскую державу Японию и континентальную державу Россию, представляет большой интерес и сегодня.
Особенно часто о. Николай выделяет по сравнению с русскими такую особенность японцев, как их законопослушность. Во время русско–японской войны японское правительство приняло решение охранять Православную Церковь и о. Николая, для чего в токийской Миссии (Николай–до) постоянно дежурили полицейские и жандармы. Охрана была устроена чрезвычайно серьезно и простиралась до самых мелочей. Часто действия охраны казались о. Николаю проявлением чрезмерной приверженности правилам, упрямым нежеланием отступить от них ни на йоту. Он даже писал с некоторым негодованием: «Формалисты эти японцы!» Однако в то же время и ценил японскую приверженность правилам и законам: «Но это же и хорошая черта их и сила их: закон они исполняют точно и аккуратно. Сёогунство своим строгим режимом так воспитало японцев» (4/17 февраля 1904 года).