В ответ на такие вопросы, св. Григорий выходит из того положения, что мировые стихии не могут мыслить, а потому не могут и производит мысль. В данном случае он опирался на тоже самое положение, которое в новейшее время послужило исходным пунктом философии Декарта: мысль и протяжение безусловно различны, а потому должны быть различны и те сущности, которые ими характеризуются, — так что мыслящее — не протяженно и протяженное не мыслит. На основании этого положения, которое одинаково считали аксиомой и св. Григорий Нисский и философ Декарт, можно было прямо говорить об особенной сущности души в её отличии от сущности вещества. Правда, в этом случае исходным пунктом служит то самое положение, которое еще нужно доказать, — но это уже общий и притом до некоторой степени совершенно неустранимый недостаток всех умозрительных рассуждений о душе. Показать душу наглядно нельзя, а потому и необходимо допустить её бытие пока просто только, как предположение. Это предположение получает силу Кантовского постулата в практической жизни людей, и имеет значение идеи — регулятива в области их теоретического познания. Превратить его в очевидную истину нельзя, но эта невозможность нисколько не подрывает научной состоятельности предположения. Ведь и материализм только предполагает, что материя мыслит, и однако ему кажется, что он говорит в этом случае такую умную вещь, что свое предположение едва ли не выдает за очевидную истину. Но уж если нужно подвергнуть сравнительной критике спиритуалистическое и материалистическое предположения, то перевес несомненно окажется на стороне первого, потому что оно имеет в своей основе громадный круг положительных фактов, между тем как материализм имеет за собою только отрицательные факты ослабления духовной деятельности при телесных повреждениях; нигде, никогда и никому не удавалось и не удастся свести духовные процессы на материальные, хотя взаимная связь тех и других процессов признана и доказана самым убедительным образом. Поэтому, каждый спиритуалист, не только в качестве теолога, но и в качестве философа, имеет полное право говорить о душе, как об особой нематериальной сущности, как о носителе того громадного круга явлений, которые существуют и развиваются рядом и параллельно с явлениями материи. Поэтому, и св. Григорий Нисский имел полное право говорить о самостоятельной природе души. Правда, ему казалось, что основание научного предположения о бытии души есть собственно рациональное доказательство бытия души, — но это логическое смешение весьма мало влияет на сущность его психологии. Все равно, его рассуждение сводится к ответу на строго–научный вопрос: как нужно мыслить душу, как производительницу умственных процессов?