Главным недостатком христологии Антиохийской школы, а впоследствии и несторианства, было то, что они не могли с достаточной ясностью выразить таинство соединения двух природ во Христе. Настаивая на полноте и совершенстве природ, они не могли найти средств для выражения образа их соединения. Невозможно было понять, в чем же собственно соединение Божества и человечества во Христе реально отличается, например, от соединения Божества с кем-либо из ветхозаветных пророков и праведников. Несмотря на все старания антиохийских богословов, большинство которых сознавали этот недостаток своей христологической системы, они не находили терминологических средств, чтобы это различие установить. Получалось, что между Христом и ветхозаветными праведниками различие скорее в степени, нежели в качестве. Для пояснения образа соединения двух природ во Христе антиохийцы использовали различные примеры и образы, иногда весьма нелепые. У Феодора Мопсуэстийского имеется образ, согласно которому Божество и человечество во Христе соединяется подобно соединению мужа и жены в плоть едину. У Нестория основной образ — это образ дома или храма (имеется в виду человек, в котором обитает Бог). В любом случае это единство оказывается внешним, это единство власти, чести, силы или благоволения.
Несторианские споры начинаются после того, как Несторий был приглашен императором Феодосием II возглавить церковь в столице империи, занять кафедру архиепископа Константинопольского. Здесь он начал произносить проповеди, в которых ополчился против термина «Богородица», хотя этот термин уже широко распространился и считался неотъемлемой частью Предания. Несторий утверждал, что Марию нельзя называть Богородицей, так как Она родила не Бога, а человека. Наименование «Богородица» Несторий допускал в лучшем случае как некий риторический прием.
б) Учение свт. Кирилла Александрийского.
Эти проповеди вызвали резкое противодействие Несторию, прежде всего со стороны свт. Кирилла, архиепископа Александрийского. В учении Нестория он увидел реальную опасность рассечения единого Христа на двоицу сынов.
Сам Несторий, пытаясь объяснить свою позицию, создал учение о так называемом «лице единения» . Несторий в своем богословском видении признавал во Христе два лица, два различных субъекта — Божественный и человеческий. Эти два лица сходятся в некоторое третье лицо, которое Несторий называет термином «лицо единения». Иначе говоря, Христос предстает перед нами в Евангелии как единое Лицо, как единая Личность только субъективно; по отношению к внешнему наблюдателю Он есть единое Существо, единое Лицо, но в Самом Себе Он заключает два лица, Божественное и человеческое. Сам Несторий никогда не утверждал, что во Христе два лица, две личности, но весь образ его мысли свидетельствует о том, что он полагал во Христе второй ипостасный центр, человеческий, отличный от Ипостаси Бога Слова.
Таким образом, получалось, что Сын Божий и Сын Марии личностно разделены, между ними существует только нравственная связь, подобная той, которая существовала между Богом и ветхозаветными праведниками, а следовательно, путь к реальному обожению для человека по-прежнему закрыт.
В противоположность Несторию, свт. Кирилл Александрийский предложил учение о ипостасном, или о физическом единстве. В одном из своих посланий, адресованных Несторию, он пишет: «Слово, соединив собой ипостасно плоть, одушевленную разумной душой, неизреченно и непостижимо для нашего ума, стало человеком и наименовало Себя Сыном Человеческим». Хотя основная интуиция свт. Кирилла была правильной, у него также не хватало терминов для выражения образа соединения природ, он вынужден пользоваться конкретными примерами и образами.
Чаше всего он использует антропологический пример, т. е. приводит пример человека, который представляет собой единое существо, единую ипостась, единую личность, состоящую из Двух реально различных природ, души и тела. У свт. Кирилла это основной христологический образ, абстрагируясь от которого, невозможно понять ни логику его мыслей, ни его терминологию.
Согласно свт. Кириллу, Божество и человечество во Христе соединились ипостасно, подобно тому, как ипостасно соединяются душа и тело в человеке. Это есть особый вид единства, предполагающий не внешнее подлеположение природ, как у Нестория, но их взаимное общение и взаимное проникновение внутри единой Ипостаси. Для свт. Кирилла недопустимо говорить о каком-то особом лице, об особой личности, особом человеческом «я». Во Христе только одно «Я», это «Я» Второго Лица Пресвятой Троицы, Сына Божия. Христос говорит о Себе в первом лице и как о Боге, и как о человеке. Именно Второе Лицо Пресвятой Троицы, Бог Слово, является субъектом, подлежащим всех действий и состояний Богочеловека. Во Христе имеет место единый личностный субъект, тождественный Второму Лицу Пресвятой Троицы. Особой человеческой личности, особого человеческого субъекта во Христе нет.