Дурные предчувствия мучили рассказчика (события излагаются от первого лица — обычный прием Ходжсона) с самого начала плавания. Это же чувствовали и все матросы, причем, как узнал рассказчик, вся команда была набрана новая — как только судно пришло в Сан-Франциско, прежняя команда списалась на берег, за исключением только одного матроса. Первые две недели стояла хорошая погода, и разговоры о том, что корабль «сглазили» и на нем лежит какое проклятие, прекратились. «Странности», как их называет рассказчик, начались однажды ночью, когда он увидел, как через борт корабля на палубу шагнула какая-то фигура. Поначалу он решил, что это ему почудилось, но фигура, при всей призрачности и расплывчатости очертаний, казалась вполне реальной. Когда же он попытался подойти к ней, фигура подбежала к борту и исчезла в море.
Спустя неделю похожую призрачную фигуру увидел уже вахтенный, за ним — второй помощник капитана, заметивший кого-то на мачте. А затем распустился парус, который не мог распуститься в штиль. Для того чтобы закрепить парус, на мачту был послан матрос; когда он долез до половины, то парус, до сих пор висевший неподвижно, хлестнул его по лицу и сбросил на палубу. Спустя несколько дней в схожей ситуации парус ударил другого матроса, который упал на палубу и разбился до смерти.
После того как похоронили первую жертву, воздух вокруг корабля словно сгустился, и вскоре судно было окружено неким «дрожащим, стеклянистым маревом, сквозь которое едва виднелся горизонт». Не об этой ли погодной аномалии, порождающей ужас, писал Колридж в «Сказании о Старом Мореходе»:
В поэме эта апокалиптическая картина становится все трагичнее и фантастичнее:
Хотя спустя некоторое время туман прояснился, драматизм событий на корабле продолжал нарастать. И уже не так легко было объяснить происходящее галлюцинациями — тем более когда число смертей, наступивших после падения матросов с мачт, увеличилось до четырех. К тому же участились случаи, когда словно кто-то нападал на матросов, поднимавшихся на ванты, как будто кто-то набрасывался на них, хватал за куртки и ботинки, пытался столкнуть, сбрасывал с головы шапки.
Рассказчик выдвигает свою теорию, объясняющую происходящие пугающие события. Земля населена двумя видами живых существ, носителей высшего разума: людьми и теми, кто лишь внешне похож на них. Обитают эти виды в разных измерениях, и обычно их миры не соприкасаются, между ними находится некая преграда, не дающая обитателям одного мира проникать в другой. Однако существуют места, где эта преграда достаточно тонка, чтобы произошло проникновение одного мира в другой. Иногда по какой-то причине преграда истончается или может даже прорваться. Так и произошло в случае с «Мортзестусом». Возможно, когда-то на его борту было совершено страшное преступление, и корабль оказался беззащитен перед вторжением пришельцев, которые появляются из морских глубин, точнее, из какого-то иного мира. Кто эти существа — не столь важно, важно то, что они жестоки (как свинообразные в романе «Дом на краю») и стремятся захватить человеческие суда; человеку они кажутся чем-то наподобие привидений, хотя сами для себя они вполне материальны, как люди для людей.