«Русские наступают, — писал генерал. — Мы терпим поражение. Происходят жестокие бои в районе Гнилой Липы. Твое холопское войско, твои УСС (Украинские Сичевые Стрельцы) боев еще не видели, но известно, что они собираются «доблестно» сдаться в плен москалям. Надежды удержать русских нет. Галиция может пасть.».
Военная ситуация на востоке складывалась не в пользу Австро-Венгрии. «Непобедимая» армия императора Франца Иосифа панически отступала в глубь Галиции. Русские войска освободили Львов. Шептицкий остался во Львове. В первые дни прихода русских войск глава униатской церкви присматривался к обстановке. Через свою разведку изучал поведение и намерения русских военных властей, офицеров, солдат, настроение местного населения, верующих, духовенства. Неприятной неожиданностью для Шептицкого было то, что многие галичане с искренней доброжелательностью отнеслись к солдатам из России. И совсем уже поразило униатского владыку то, что многие галичане считали их своими братьями и радовались их приходу.
Возмущенный митрополит в первую же неделю пребывания русских войск во Львове выступил с воинственной проповедью в Успенской церкви. Он демонстративно проклял тех, кто приветствовал приход русских войск, и призвал галичан не забывать о своей обязанности как перед императорским, так и перед апостольским престолом.
Униатская церковь возложила на наиболее надежных священников выполнение задач весьма далеких от служения богу. Все эти пропагандисты и шпионы стали заводить знакомства среди солдат и офицеров русской армии и всячески разлагать боевые части, втираясь в доверие к воинам, собирать сведения о настроении армии, политическом положении в России, а также военно-разведывательную информацию. Одновременно велся учет всех «изменников»-галичан, радостно приветствовавших русские войска.
Хотя Шептицкий давно был известен русской контрразведке как австро-немецкий шпион, его вначале не беспокоили. Но видя, что активность Шептицкого все возрастает, командование решило положить конец его подрывной деятельности. 12 сентября 1914 г. в резиденции Шептицкого был произведен обыск, а 19 сентября митрополита вывезли из Львова в салон-вагоне в сопровождении его духовника, ректора униатской семинарии Боцяна, личного секретаря монаха Гродского и слуги. В Киеве митрополита поселили в «Континентале», лучшей гостинице города.
Проанализировав свое положение, Шептицкий сделал то, чего от него никто не ожидал. Он обратился к царю Николаю II с приветственным посланием, в котором выражал свою «радость» по поводу побед российской армии и воссоединения Червоной Руси с Россией. Он писал, что «трехмиллионное русское население Галиции с радостью приветствует русских воинов как своих братьев». Склоняясь перед царем, «православно-католический галицко-русский митрополит» — так именовал себя Шептицкий — заверял, что он в любой момент готов с «любовью к императорскому величеству и святой Руси положить свою жизнь на жертвенный алтарь».
Сначала царское правительство намеревалось оставить униатского митрополита в Киеве как интернированное лицо, но, детально ознакомившись с его делом, приказало перевезти Шептицкого в Нижний Новгород. Однако и здесь он пытался подыскивать единомышленников среди местного населения и создавать тайные униатские приходы. Разумеется, об этом полиция уведомила вышестоящее начальство и получила указание отправить поднадзорного митрополита в Курск. В защиту Шептицкого выступили его высокопоставленные покровители из числа приближенных австрийского и немецкого императорских дворов. Принимал меры к освобождению Шептицкого и испанский король Альфонс. Но наиболее активно действовал Ватикан. Апостольская столица использовала арест униатского митрополита для компрометации русского правительства и разжигания ненависти среди верующих к русским.
Ватикан инспирировал провокационные слухи о преследовании униатов и католиков, о зверствах, чинимых русской армией среди мирного населения, и т. п. Что касается самого митрополита, то распространялись слухи о расстреле Шептицкого, его мученической смерти в русской неволе, некоторые австрийские газеты поместили даже некрологи. И все же кампания по освобождению Шептицкого вскоре провалилась. Царское правительство неожиданно получило документы (они были найдены в стене Святоюрского собора), изобличавшие униатского митрополита не только как политического руководителя украинских националистов, но и как тайного австро-немецкого агента, который всегда подстрекал правительство Австро-Венгрии к войне против России и даже лично разработал план захвата Украины и ее «державного развития».