Главный труд Ипполита — «Философумены», или «Обличение всех ересей». Это, после трактата Иринея, самое назидательное и важное полемическое произведение доникейской церкви. Оно проливает новый свет не только на древние ереси и развитие церковного учения, но и на историю философии и состояние Римской церкви в начале III века. Кроме того, оно предоставляет нам ценное свидетельство о подлинности Евангелия от Иоанна как из уст самого Ипполита, так и через его цитаты из жившего намного раньше гностика Василида, современника Иоанна в последние годы его жизни (около 125 г. по P. X.). Труд был написан через несколько лет после смерти Каллиста, между 223 и 235 г. В первой из десяти книг описываются языческие философии, которые автор считает источником всех ересей; отсюда название «Философумены», соответствующее содержанию первых четырех книг, но не последних шести. Этого заглавия нет в Афонской рукописи, но оно было ранее известно и включено в издания трудов Оригена. Вторая и третья книга, отсутствующие, вероятно, были посвящены языческим мистериям, математическим и астрологическим теориям. Четвертая также рассказывает о языческой астрологии и магии, которые должны были пользоваться большим влиянием, особенно в Риме. В пятой книге автор переходит к собственно теме произведения, опровержению всех ересей со времен апостолов до его времени. Всего он перечисляет тридцать две ереси, большинство из которых, тем не менее, являются просто отдельными ответвлениями гностицизма и евионизма. Он приводит еретические мнения из утраченных произведений, не сообщая, что думает по их поводу, и ссылается на греческую философию, мистицизм и магию, полагая, что для их опровержения достаточно проследить их языческие истоки. Девятая книга, с опровержением учения сторонников Но – эта и Каллиста, содержит интересные сведения о событиях в Римской церкви. Он представляет папу Зеферина как слабого и невежественного человека, привечавшего патрипассианскую ересь, а его преемника Каллиста — как хитрого и коварного деятеля, некогда бывшего рабом, потом — нечестным ростовщиком, который стал банкротом и был посажен в тюрьму, но добился расположения Зеферина и после его смерти достиг своей желанной цели, папского престола, с которого учил ереси и подрывал дисциплину, чрезвычайно терпимо относясь к нарушавшим ее. Здесь автор слишком страстно выражает свои чувства, и его свидетельство надо воспринимать с осторожностью.
Десятая книга, которую использовал Феодорит, содержит краткое изложение содержания предыдущих книг и символ веры самого автора в качестве утвердительного опровержения ересей. Вот наиболее важная часть символа, касающаяся Христа: