Доносчика и ответчика «ставили с очей на очи», то есть устраивали им очную ставку. При необходимости «ставили с очей на очи» ответчика и свидетелей. На очной ставке изветчика заставляли повторить обвинения, изложенные в его извете и уличать стоящего перед ним или висящего на дыбе ответчика. Ответчика следователи вынуждали подтвердить извет или привести аргументы в свою защиту. Свидетели на очной ставке должны были подтвердить свои показания перед лицом ответчика. Если на очной ставке изветчик отказывался от своего доноса, то в протокол вносили, что он «сговорил» донос с ответчика, и тот «очищался» от возведенного на него извета: «И потом очистился и свобожден». В этом случае изветчик обвинялся в ложном доносе и сам попадал под следствие.
Следующим этапом следствия для отрицавшего вину ответчика или обвиняемого в ложном доносе изветчика был «распрос» под дыбой. Человека подводили к дыбе, которая чаще всего состояла из вбитого в балку крюка (иногда с блоком), через который перебрасывали веревку или ремень. В одном конце веревки (в «петле») закрепляли руки узника, а другой конец держали помощники палача.
Допрос под дыбой был средством морального давления на подследственного, который видел палача и его помощников, видел, как они готовили инструменты к пытке. Иногда, чтобы человек понял, что его ждет, при нем пытали других узников. Под дыбой проводились и очные ставки, причем один из участников мог уже висеть на дыбе, а другой — стоять возле нее. («Их ставити с татьми с очей на очи, и татей перед ними пытать».) Следователи прибегали и к имитации пытки. Для этого подследственного в застенке раздевали и готовили к подъему на дыбу.
После «роспроса» в застенке под дыбой, с увещеванием и угрозами, узника подвешивали на дыбу (операция называлась «виска»), где в зависимости от планируемого следователем «сценария» узника пытали «встряской», били кнутом в подвешенном виде, пытали огнем или другими жестокими пытками. При «встряске» узника поднимали на дыбе за связанные руки, связывали ему ноги, продевали между ними бревно, на которое вставал палач. Силой тяжести своего тела и подпрыгивая на бревне, палач растягивал узника, что приводило к выворачиванию рук из плеч и разрыву связок. Часто растянутого таким образом человека били кнутом, при этом число ударов не ограничивалось.
Иногда в каземат к измученному пытками человеку следователи посылали священника, которому узник, страшась смерти, каялся в грехах. Доносчик в рясе открывал тайну исповеди следователю, и полученная им информация оформлялась в виде протокола. Считалось, что верующий в предсмертный час не мог лукавить перед Богом и говорил правду. Священники в качестве помощников следователей использовались и позднее, при расследовании дел декабристов. Писатель-декабрист Михаил Бестужев в своих «Записках» (Русская старина, 1870. Изд. 3-е. СПб., 1875. Т. 1) вспоминал, как он, сидевший в Петропавловской крепости, оказался «в экзальтированном настроении христиан-мучеников в эпоху гонений». «Я, — пишет Бестужев, — совершенно отрешился от всего земного и только страшился, чтобы не упасть духом, не оказать малодушия при страдании земной моей плоти, если смерть будет сопровождаться истязаниями. В одну из таких минут отворяются двери моей тюрьмы. Лучи ясного зимнего солнца ярко упали на седовласого старика в священническом облачении, на лице которого я увидел кротость и смирение. Спокойно, даже радостно, я пошел к нему навстречу — принять благословение и, приняв его, мне казалось, что я уже переступил порог вечности, что я уже не во власти этого мира и мысленно уже уносился в небо! Он сел на стул подле стола, указывая место на кровати. Я не понял его жеста и стоял перед ним на коленях, готовый принести чистосердечное покаяние на исповеди, перед смертью. «Ну, любезный сын мой, — проговорил он дрожащим от волнения голосом, вынимая из-под рясы бумагу и карандаш, — при допросах ты не хотел ничего говорить; я открываю тебе путь к сердцу милосердного царя. Этот путь есть чистосердечное признание… С высоты неба я снова упал в грязь житейских дрязг…»
Если ответчик выдерживал пытку и продолжал настаивать на своем первоначальном показании, наступала очередь изветчика, которого также поднимали на дыбу. По существующей практике каждый из них должен был «очиститься» тремя пытками при сохранении верности изначальных показаний. Если же один из них в ходе пытки изменял показания, то новые показания также проверялись под пыткой трижды. Количество пыток было неограниченным, но редко кто выдерживал более четырех-пяти пыток. В истории Тайной канцелярии известны случаи, когда доносчики для подтверждения истинности своего доноса сами требовали пытки.