Зубатов понимал, что с выступлениями рабочих нельзя бороться одними полицейскими мерами и в противовес революционной пропаганде в 1901 году предложил создать систему опекаемых полицией легальных профессиональных союзов рабочих, которые должны были направить рабочее движение с революционного пути на путь мирной защиты экономических интересов. Основная его идея заключалась в том, что при русском самодержавии, когда царь «стоит над партиями» и не заинтересован по преимуществу ни в одном сословии, рабочие могут добиваться своих требований через царя и его правительство. Освобождение крестьян от крепостной зависимости — лучшее тому доказательство.
Все было пущено в ход, дабы переубедить сторонников революционного марксизма и направить их в сторону профессионального движения. Зубатов стал готовить из рабочих пропагандистов его идей. В отделении была заведена библиотека с соответствующим набором книг. Арестованным социал-демократам давали читать книги нужного направления, остальное дорабатывалось при беседах на допросах. Проводилась и открытая контрпропаганда: в «Московских Ведомостях» публиковались соответствующие разъяснительные статьи. Через своих первых подготовленных и энергичных рабочих Зубатов приступил к организации в разных частях города рабочих кружков, в которых начались занятия. Эти кружки были враждебно настроены к революции и ее вождям. Все работы проводились официально через оберполицмейстера и генерал-губернатора. Рабочие сами ходатайствовали перед предпринимателями и добивались своих требований. В то же время, зная все, что делается на фабриках и заводах, охранное отделение своевременно приходило на помощь рабочим в случае каких-либо несправедливых действий хозяев или заводской администрации. По воскресеньям в охранном отделении офицеры и чиновники принимали заявления и жалобы от рабочих по всем вопросам. Рабочим давали разъяснения, справки и оказывали поддержку. Таким путем в сознание рабочих внедрялась мысль, что они могут добиваться своих требований без социалистов, мирным путем, и что власть не только не мешает, но и помогает им.
Движение разрасталось. Успех был очевиден, рабочие доверчиво относились к власти и сторонились революционеров. Местные революционные деятели всполошились, но, обставленные полицейским надзором, были бессильны. В Москве рабочие стали жить новой, более осмысленной, общественной, но не революционной жизнью. Они слушали выступления профессоров, занимались самообразованием, изучали экономические вопросы.
1902 год был апогеем зубатовских организаций в Москве, 14 февраля этого года был утвержден устав «Московского общества вспомоществования рабочих в механическом производстве». 22 февраля зубатовскими организациями была устроена грандиозная манифестация в Кремле. До 45 тысяч рабочих собралось у памятника царю-освободителю. Полиция отсутствовала, и порядок поддерживали сами рабочие. Была отслужена панихида по Александру II и возложен венок. Впечатление от происходящего было большое, так как манифестация рабочих проходила лишь несколько дней спустя после студенческих беспорядков. В тот же день рабочие отправили в Петербург депутатов, которые возложили серебряный венок на гробницу царя-освободителя в усыпальнице Петропавловской крепости. Зубатов был в зените славы и планировал распространить свой метод снижения влияния социал-демократических партий на рабочее движение на другие города России. С разрешения министра внутренних дел Сипягина такая работа была начата в Минске под руководством агента Зубатова Мани Вильбушевич. Зубатов руководил ею из Москвы, на месте же за ее деятельностью наблюдал начальник Минского жандармского управления полковник Васильев. Движение в Минске также имело успех и нейтрализовало работу местных революционеров.
Московские капиталисты не раз обращались к премьеру Витте с жалобами, что полиция вмешивается в их взаимоотношения с рабочими; жаловалась и фабричная инспекция. Витте пытался препятствовать Зубатову, но успеха не имел, так как Министерство внутренних дел покровительствовало новатору.
Успешное развитие рабочего профессионального движения продолжалось до тех пор, пока делами руководил сам Зубатов и пока участие в деле охранного отделения не стало достоянием широких слоев общества.