С 1866 по 1875 г. постепенно преобразовывалась система внутреннего военного управления. Войсковой штаб во главе с начальником штаба заместил прежнее войсковое дежурство, вместо четырех военных округов и окружных дежурств созданы первоначально четыре, а затем пять военных отделов с атаманами и соответствующими управленческими структурами. Управление донской артиллерией было разделено на два района: Новочеркасский и Усть-Медведицкий, а с 1886 г. слито воедино. В обязанность атаманов военных отделов вменялось наблюдение «1) за отбыванием воинской повинности казаками его отдела, 2) за приведением в исправность и пополнением снаряжения казаков льготных частей и отпуск необходимых для того сумм, 3) за обучением строевой службы казаков приготовительного разряда». Кроме того, атаманы формировали сменные команды и новые полки, а также производили смотры частям, вернувшимся со службы, перед их роспуском. Атаман первого отдела находился в Новочеркасске, и ему были подведомственны 34 станицы, второго отдела – в станице Каменской (10 станиц), третьего – в станице Нижнечирской (1 станица), четвертого – в станице Усть-Медведицкой (21 станица), пятого – в станице Урюпинской (27 станиц)234
.С 1868 г. в каждом гражданском округе действовали окружные полицейские управления во главе с окружным начальником, при этом в состав «общего присутствия» управления еще входили сословные представители (выборные от дворянства). Окружным управлениям подчинялись исполнительные полицейские чиновники, заведовавшие в округе участками на правах становых приставов (участковые заседатели). В свою очередь, окружные управления замыкались на войсковом правлении во главе с войсковым наказным атаманом.
В 1870 г. в связи с переименованием ЗвД в ОвД войсковое правление преобразовывается в областное правление, новый штат которого был утвержден в 1875 г. Согласно новому штату сословное представительство сохранилось только в лице трех советников войскового наказного атамана. Однако и они вскоре будут заменены назначаемыми в. н. а. лицами из числа претендентов, чей образовательный уровень и административный опыт соответствовал требованиям, предъявляемым к должности. Обязанности и полномочия областного правления были прописаны в специальном «Наказе областному правлению войска Донского» от 8 января 1871 г. (см. приложение 9). Впоследствии наказ изменялся и дополнялся, но его основа оставалась практически такой же вплоть до начала XX в.
В 1887 г. были упразднены должности атаманов военных отделов и их управления, а также окружные полицейские управления шести округов (Черкасского, Первого и Второго Донского, Донецкого, Усть-Медведицкого и Хоперского). Гражданское и военное управление этими округами сосредотачивалось в лице окружных атаманов с предоставлением им всех прав и обязанностей, лежавших на окружных полицейских начальниках и атаманах военных отделов. Гражданское управление Миусского и Сальского округов с малочисленным войсковым населением осталось неизменным. В военном отношении станицы этих округов были подчинены: Миусского округа – окружному атаману Черкасского округа, а станицы Сальского округа – окружным атаманам Первого и Второго Донских округов. К концу XIX в. города области – Ростов-на-Дону, Таганрог, Нахичевань, Александровск-Грушевский и посад Азов – в отношении дел городского общественного управления из ведения Военного министерства перешли в компетенцию Министерства внутренних дел. Новочеркасск, так и не получивший общеимперского городового положения и управлявшийся на основании особых «установлений», остался под контролем Военного министерства.
С 1876 по 1882 г. у войсковой администрации существовал довольно сильный управленческий конкурент в лице донского земства. Подготовка земской реформы в Донском крае длилась 12 лет – с 1864 по 1876 г., а попытки восстановления земства предпринимались с 1882 г. вплоть до 1917 г. За это время власть и общество накопили определенный опыт, решая актуальные вопросы, связанные с земским делом, а сама земская идея была взята на вооружение в политической борьбе донскими либералами, а также другими местными политическими силами235
.