А между тем вновь объявился «Дмитрий Иванович, чудом спасшийся» — Лжедмитрий II. Он появился в той же Северской Украине, в городе Стародубец и с польско-литовскими и казаческими отрядами направился в Москву. Он останется в русской истории под прозвищем «тушинский вор», так как долго находился в своей «царской ставке» в подмосковном Тушино. Это был настолько явный разбойник, что вначале мало кто ему верил. Но именно оппозиционеры Шуйского с первых дней его воцарения пустили слух о «чудесном спасении» теперь уже « царя Дмитрия Ивановича ».
Вскоре в Тушино явится из Литвы знатный пан Ян Сапега с семью тысячами поляков и казаков в помощь новому Самозванцу. Сапега привёз «русскую царицу» Марину Мнишек с её отцом, которых после убийства Лжедмитрия I отправили в Польшу, куда они так и не попали. Марина согласилась «узнать» в безвестном проходимце своего мужа — «царя Дмитрия Ивановича ». Она не оставляла надежды сохранить свой статус в качестве русской царицы и родила от Лжедмитрия II сына — «царевича», которого будут называть в России не иначе как «ворёнком». Судьба его так же, как и судьба самой Марины, окажется печальной.
А в городах к северу от Москвы стали принимать от Лжедмитрия II воевод и других посланников, даже признавали его государем. В Тушино из Москвы тоже отправлялись некоторые князья и бояре, чтобы получить от самозванца поместья, а затем возвращались в Москву и просили прощения у царя Василия. Их называли «перелётами». Но войска «тушинского вора» росли за счёт прибывающих к нему отрядов поляков, казаков, изменников всех сословий.
В Москву прорваться «тушинцы» так и не смогли, но они решили захватить Троице-Сергиев монастырь, который стоял на дороге к северным городам. Кроме того, они мечтали овладеть сокровищами этой обители. В сентябре 1608 г. туда направились 30 тысяч человек под командованием пана Яна Са-пеги и Александра Лисовского. Началась осада монастыря. Архимандрит Иоасаф привёл к присяге всех его защитников. В первые десять дней октября начались непрерывные обстрелы монастыря, чередующиеся с атаками, которые были отбиты. Затем крепость ночью попытались взять штурмом. Но всё было бесполезно. Защитники обители смогли даже взять пленных и от них узнали, что ведётся тайный подкоп под монастырскую стену, но его ещё нужно было отыскать. Сохранились имена крестьян — Шилов и Слата, которые нашли подкоп, взорвали его и при этом погибли сами. Сознательно, ценой своей жизни, они спасли монастырь и его обитателей. Но силы защитников истощались. Способных идти в бой было всего около двухсот человек, и среди них шестьдесят казаков, присланных царём. Истощались силы и у противника. В январе 1610 г. на помощь защитникам обители направил своё войско князь Михаил Скопин-Шуйский. Узнав об этом, 12 января Сапега мгновенно снял осаду, не рискнув вступить в бой с русским полководцем. Зато Скопи-на-Шуйского торжественно встретили монахи, ставшие воинами-защитниками, когда это потребовалось. Окончилась шестнадцатимесячная блокада монастыря.
Царь Василий Шуйский ещё за год до этих событий обратился за помощью к шведскому королю Карлу IX, чтобы оборониться от поляков и смутьянов. Для переговоров со шведами был послан Скопин-Шуйский. Удалось нанять на службу в России 5 тысяч человек во главе со шведским полководцем Делагарди. Им обязались щедро заплатить и ещё отдать шведам город Корелу с уездом. Объединённые силы шведов и русской армии под командованием Скопина-Шуйского, направляясь к Москве, встретили под Калязином, у стен Макарьевского монастыря, главные военные силы Лжедмитрия II и разбили их. Население северных городов Руси и Поволжья, вынужденное ранее присягнуть «тушинскому вору», тут же отказалось от него и пополнило ряды войск Скопина-Шуйского, шедшего к Москве. Освобождение от осады Троицкой обители увеличило славу русского полководца. Но когда он подошёл к Тушинскому лагерю самозванца, там уже никого не было.
Это произошло потому, что король Сигизмунд, недовольный договором русских со шведами, решил объявить войну России и взял в осаду город Смоленск. Но смоляне вместе с воинами воеводы Шеина стали защищаться. Пришедшее с Сигизмундом войско было недостаточно для взятия города, и король приказал всем полякам, находящимся при Лжедми-трии, идти к нему под Смоленск.
Большая часть поляков подчинилась этому приказу. Лжедмитрий II, обидевшись на них, бежал с казаками в Калугу. Часть его бывших сторонников вернулась в Москву для покаяния перед царём Василием. С ними вместе был и появившийся в столице митрополит ростовский Филарет, захваченный до этого поляками и насильно удерживаемый «тушинским вором». 12 марта 1610 г. Скопин-Шуйский вместе со своими воинами вошёл в Москву. Народ ликовал. Его окрылила уверенность в скорой полной победе.