Дело в том, что если в Византии поместье (бенефиция) никак не было связано с государственно-общественным статусом владельца, а также его правами и обязанностями, то в Европе именно обладание землёй создавало владельцу этой земли ряд юридических прав. Например, право творить внутри своего феода суд. Поэтому, как только монастыри и церкви обзаводились землёй и деревнями для прокорма, они сразу же вовлекались в чисто светские отношения. И уступать хотя бы часть своих «внецерковных» возможностей католические иерархи, становившиеся ещё и светскими феодалами, категорически отказывались. Так, например, в 1202 году документы описывают тяжбу о статусе бывшего виноградника Брюно, ставшего частью города Парижа: епископ хотел сохранить за собой право вершить правосудие и вступил тогда по этому пункту в спор с королём, который требовал этого права для себя. Тяжба длилась 20 лет, но в конечном итоге конфликт разрешился в пользу епископа.
Однако, несмотря на все трудности и разногласия, положение Церкви к XIII веку было незыблемо. Даже инквизиция (существовала еще с III–IV вв. н. э., само слово употреблено впервые на Турском соборе 1163 года), которая с XIII века была передана в ведение монахов-доминиканцев, выносила в основном оправдательные приговоры. А только донос доказательством не считался, и обвинивший соседа в колдовстве, но не предоставивший доказательства доносчик мог по решению инквизиции выплатить в пользу пострадавшего и Церкви огромный штраф. Поэтому, несмотря на формальный догматизм, на многие вещи смотрели, что называется, сквозь пальцы. Расцвело увлечение оккультизмом и астрологией, а для этого велись исследования в области астрономии и небесной механики, переводились смелые труды арабских философов о гелиоцентричности мира. И хотя до математического обоснования Коперника оставалось ещё два столетия, идеи Птолемея о Земле как центре Вселенной уже тогда начинали отступать. Расцветает алхимия, многие знатные дворяне заводят личных алхимиков. Опять же стоит оговориться, что в обществе на тот момент царит «истинная» алхимия, смысл которой виделся «вернуть людям истину, потерянную в первородном грехе». И все исследования ведутся именно с этой точки зрения, а все алхимики – люди крайне набожные. Не зря Мануэль говорит, что если он вступил на путь свободного философа, алчущего тайны мира, ему не должно потакать греху земному. Эта «истинная» алхимия просуществует до XVII века, о чём мы можем судить по письмам Ньютона к Галлею. Алхимики же, преследовавшие узкокорыстную цель научиться превращать простые металлы в золото или на худой конец в серебро во все времена служили для истинных алхимиков объектом насмешек и ассоциировались в общественном мнении с нищими делателями золота. Их презрительно именовали лжеалхимиками и суфлерами – по названию воздуходувных мехов, которыми такие искатели, словно простые кузнецы, посильнее раздували огонь в печи, спеша сварить «философское яйцо», от которого до самодельного золота уже рукой подать…
Сочетание твёрдых позиций Церкви с очень неожиданной потребностью в грамотных людях, в юристах и так далее породило и ещё один дотоле не существовавший феномен: Университет (от латинского «universitas», первоначально – любое объединение людей, связанных общими интересами и имеющих особый правовой статус). А в городах появилась новая, непознанная и непонятная прослойка общества – школяры-студенты. И неважно, были ли это богатые пансионарии (то есть те, кому родительские деньги позволяли жить не думая о заработке), или стрижи (так звали студентов, которые на учёбу и пропитание зарабатывали сами), всё равно это были люди умеющие читать. Для Европы, где в отличие от Руси и Византии к этому времени не существовало разветвлённой сети светских и монастырских школ, а грамотные были редкостью, появление в крупных городах большого числа людей с очень широким для своего времени кругозором вызвало переворот в сознании.