Однако, несмотря на все трудности и разногласия, положение Церкви к XIII веку было незыблемо. Даже инквизиция (существовала еще с III–IV вв. н. э., само слово употреблено впервые на Турском соборе 1163 года), которая с XIII века была передана в ведение монахов-доминиканцев, выносила в основном оправдательные приговоры. А только донос доказательством не считался, и обвинивший соседа в колдовстве, но не предоставивший доказательства доносчик мог по решению инквизиции выплатить в пользу пострадавшего и Церкви огромный штраф. Поэтому, несмотря на формальный догматизм, на многие вещи смотрели, что называется, сквозь пальцы. Расцвело увлечение оккультизмом и астрологией, а для этого велись исследования в области астрономии и небесной механики, переводились смелые труды арабских философов о гелиоцентричности мира. И хотя до математического обоснования Коперника оставалось ещё два столетия, идеи Птолемея о Земле как центре Вселенной уже тогда начинали отступать. Расцветает алхимия, многие знатные дворяне заводят личных алхимиков. Опять же стоит оговориться, что в обществе на тот момент царит «истинная» алхимия, смысл которой виделся «вернуть людям истину, потерянную в первородном грехе». И все исследования ведутся именно с этой точки зрения, а все алхимики — люди крайне набожные. Не зря Мануэль говорит, что если онвступил на путь свободного философа, алчущего тайны мира, ему не должно потакать греху земному. Эта «истинная» алхимия просуществует до XVII века, о чём мы можем судить по письмам Ньютона к Галлею. Алхимики же, преследовавшие узкокорыстную цель научиться превращать простые металлы в золото или на худой конец в серебро во все времена служили для истинных алхимиков объектом насмешек и ассоциировались в общественном мнении с нищими делателями золота. Их презрительно именовали лжеалхимиками и суфлерами — по названию воздуходувных мехов, которыми такие искатели, словно простые кузнецы, посильнее раздували огонь в печи, спеша сварить «философское яйцо», от которого до самодельного золота уже рукой подать…
Сочетание твёрдых позиций Церкви с очень неожиданной потребностью в грамотных людях, в юристах и так далее породило и ещё один дотоле не существовавший феномен: Университет (от латинского «universitas», первоначально — любое объединение людей, связанных общими интересами и имеющих особый правовой статус). А в городах появилась новая, непознанная и непонятная прослойка общества — школяры-студенты. И неважно, были ли это богатые пансионарии (то есть те, кому родительские деньги позволяли жить не думая о заработке), или стрижи (так звали студентов, которые на учёбу и пропитание зарабатывали сами), всё равно это были люди умеющие читать. Для Европы, где в отличие от Руси и Византии к этому времени не существовало разветвлённой сети светских и монастырских школ, а грамотные были редкостью, появление в крупных городах большого числа людей с очень широким для своего времени кругозором вызвало переворот в сознании.
Средневековые университеты тоже достойны отдельного упоминания. Формально первым высшим учебным заведением в Европе стал Константинопольский университет, основанный в 425 году и получивший статус университета в 848 году и называемый Магнаврской высшей школой, или иначе Пандидактерионом (греческое Πανδιδακτήριον). Там преподавали грамматику, риторику и философию, а также естественные науки — арифметику, геометрию, музыку и астрономию. Но своей главной задачей Магнаварская школа ставила всё же подготовку унифицированных высших чиновников, дипломатов, военачальников. И почти до самого падения Византии так и оставалась специализированным учебным заведением с соответствующими требованиями к профессуре. Но Европа, при малом количестве людей, способных обучать, привередливой к профессуре быть не могла, и приглашала в университеты любых выдающихся деятелей своего времени, не обращая внимания на их взгляды. Даже если эти взгляды зачастую шли вразрез с какими-то официальными догмами и научными положениями. В европейских университетах было четыре факультета: подготовительный (или младший) факультет искусств («семи свободных искусств» — то есть занятий, которые античные педагоги считали прерогативой свободного человека и противопоставляли механическим искусствам, предназначенным для рабов; в «свободные» включались грамматика, риторика, логика или диалектика, арифметика, музыка, астрономия и геометрия) и старшие факультеты: теологии, права и медицины. Во главе каждого факультета стоял декан. В университетах бурно обсуждались основные вопросы христианской доктрины, различные идеи и способы познания мира, совершались открытия в области математики, геометрии. Постепенно, не желая оставаться в жёстких рамках античных представлений, профессора и студенты занимались не только богословием и свободными искусствами, но и механикой, физикой и так далее. А Европа вместе с ними начинала свой долгий путь к Возрождению и научно-технической революции.