1995 Структуры Бендукидзе купили Томский нефтехимический комбинат (в 1997 году продан Сибирскому химкомбинату). Бендукидзе вошел в президиум «Круглого стола бизнеса России».
1996 Бендукидзе подписал заявление президиума «Круглого стола бизнеса России» в поддержку избрания Бориса Ельцина президентом России на второй срок.
Создана компания «Уральские машиностроительные заводы» (УМЗ).
1997 Бендукидзе возглавил совет директоров УМЗ. УМЗ провел размещение акций среди иностранных инвесторов.
Вместе с другими лидерами КСБР Бендукидзе потребовал от правительства ликвидировать систему уполномоченных банков и провести налоговую реформу.
1998 Бендукидзе – генеральный директор УМЗ. Компания разместила американские депозитарные расписки (ADR) на западных биржах. В состав УМЗ вошли «Ижорские заводы».
1999 Раздел активов с Михаилом Могутовым. Бендукидзе отходят активы в тяжелом машиностроении.
2000 УМЗ переименованы в «Объединенные машиностроительные заводы (Группа Уралмаш-Ижора)» (ОМЗ). 10 июля генеральный директор «Уралмаша» Олег Белоненко расстрелян вместе с водителем в Екатеринбурге (убийство осталось нераскрытым). Совет директоров предприятия назначил новым генеральным директором Бендукидзе.
В октябре Бендукидзе вошел в бюро Российского союза промышленников и предпринимателей и возглавил его комитет по налоговой и бюджетной политике.
2001 «Наша цель – стать международной компанией», – написал Бендукидзе в годовом отчете ОМЗ за 2001 год. ОМЗ купили завод «Красное Сормово», НПО «Буровая техника» и завод нефтебурового оборудования Upet в Румынии.
2002 ОМЗ приобрели четыре конструкторских бюро на территории бывшего СССР и инжиниринговую компанию Friede & Goldman Ltd (Хьюстон, США).
В марте Бендукидзе принял участие в «кооперативе олигархов», финансировавшем независимый телеканал ТВС (7,5 %), но в дальнейшем дистанцировался от его деятельности.
2003 В январе ОМЗ приобрели 20 % акций «Атомстройэкспорта» (специализируется на поставках оборудования для зарубежных атомных станций) и 51 % акций инжиниринговой компании «Зарубежэнергопроект». В декабре Бендукидзе и Владимир Потанин договорились о слиянии ОМЗ и «Силовых машин», в результате которого первому должно было достаться 15 %, а второму – 35 % акций объединенной компании (летом следующего года сделка развалилась) С подачи Бендукидзе в России принят новый закон о валютном регулировании, установивший более либеральный режим трансграничного движения капитала.
2004 В мае Бендукидзе принял участие во встрече российских предпринимателей с президентом Грузии Михаилом Саакашвили и получил предложение возглавить грузинское министерство экономики. 1 июня Бендукидзе стал министром, а в декабре пошел на повышение и получил должность государственного министра – координатора структурных и экономических реформ во всех министерствах и ведомствах Грузии.
2005 3 февраля погиб премьер-министр Грузии Зураб Жвания. Новый премьер – Зураб Ногаидели. В марте стартовала радикальная реформа системы лицензирования, в итоге которой число лицензий было сокращено на 85 %.
30 мая Сергей Лавров и Саломе Зурабишвили утвердили график вывода российских военных баз из Аджарии и Ахалкалаки – процесс должен был завершиться до конца 2008 года.
В ноябре Бендукидзе продал свой пакет акций ОМЗ «Газпромбанку».
2006 Взрывы на двух магистральных газопроводах оставили Грузию без тепла в разгар морозов. Оппозиция потребовала отставки Бендукидзе – «пешки в руках Москвы». В сентябре разгорелся шпионский скандал: после задержания в Грузии четырех офицеров ГРУ Россия ввела транспортную блокаду и торговое эмбарго, заблокировала денежные переводы в Грузию, устроила охоту на грузинских иммигрантов. Бендукидзе и его команда готовят радикальную реформу системы здравоохранения, которая будет проводиться в 2007–2009 годах.
2007 Политический кризис в Грузии.
1 ноября ушло в отставку правительство Ногаидели. 7 ноября полиция с применением водометов разогнала демонстрацию у парламента и заняла офис телеканала «Имеди», которым владел противник президента Бадри Патаркацишвили. 22 ноября новым премьером Грузии стал Ладо Гургенидзе, а 25-го Саакашвили подал в отставку, чтобы принять участие в досрочных президентских выборах.
Созданный Бендукидзе Knowledge Fund приобрел тбилисскую European School of Management (ESM). В декабре на базе ESM и тбилисского Института Азии и Африки был создан Свободный университет Тбилиси.
2008 5 января Саакашвили набрал 53,5 % голосов и второй раз стал президентом Грузии. 31 января Бендукидзе возглавил государственную канцелярию правительства Грузии.
Пятидневная российско-грузинская война в августе закончилась российской оккупацией Абхазии и Южной Осетии. 27 октября Гургенидзе ушел в отставку.
2009 6 февраля новым премьером Грузии стал Ника Гилаури, 9-го Бендукидзе ушел с госслужбы.
2011 Knowledge Fund купил у государства Аграрный университет в Тбилиси.