Официальной столицей нового государственного образования объявили Омск, туда же перебрались члены Директории, чтобы приступить к созданию совета министров. Сразу же началась внутриполитическая борьба между эсерами и прочими: монархистами, кадетами, автономистами… за министерские посты и сферы влияния. Военные, прежде всего высшие офицеры Сибирского Казачьего Войска, сразу обозначили свою явную антиэсеровскую позицию. На пост министра по военным и морским делам пригласили адмирала Колчака, личность известную, авторитетную, обличенную доверием западных союзников. Но продуктивно действовать новое правительство так и не смогло. Грызня за власть не прекращалась, и чувствовалось, что кто-то должен кого-то «сковырнуть». Первыми организовались военные – группа генералов составили антиэсеровский заговор. Они подготовили военный переворот с целью объявления военной диктатуры. Пост диктатора предложили Колчаку. Тот согласился… В ночь с 17 на 18 ноября 1918 года силами первого сибирского казачьего полка переворот был осуществлен: привезенную эсерами из Уфы подвластную им воинскую часть казаки окружеили и разоружили. Одновременно арестовали всех эсеров членов Директории. 18-го ноября адмирал Колчак был провозглашен полномочным Верховным Правителем России…
С «воцарением» в Омске Колчака, приказы поступающие в войска стали более конкретными и жесткими, без примеси эсеровско-кадетской «демократии». Но Анненков по-прежнему мало обращал на них внимания, действовал по своему усмотрению, в своей «партизанской» манере. Одновременно с формированием новых частей он продолжал «исправлять» недоработки местных властей, отправляя карательные сотни туда, где ещё тлел «дух большевизма». Анненковцы каленым железом беспощадно выжигали следы недолгого пребывания советской власти…
В Партизанской дивизии штаба как такового, в полном понимании этого слова, не было. Еще со времен, когда есаул Анненков командовал казачьим отрядом, совершавшим конные рейды по тылам немцев, он невзлюбил всю эту отчетность, штабную бумажную рутину и как следствие штабных офицеров. И сейчас он свел всю штабную деятельность до минимума. Мой штаб – это я, говорил атаман, решая все штабные вопросы самолично. Но к концу 18-го года, когда численность дивизии уже достигала нескольких тысяч человек, совсем без штаба обойтись уже никак не получалось. Понимал это и Анненков, тем не менее, официального начальника штаба дивизии не назначил, а поручил временно исполнять эту должность штабс-капитану Сальникову, приблудившемуся к атаману случайно и показавшего свою полную непригодность к службе в строевых подразделениях. То был 35-ти летний офицер, всю свою службу прослуживший при различных штабах. Несмотря на большой опыт, атаманский штаб оказался ему явно не по зубам. Привыкший вести «от и до» всю положенную документацию он, почти не имея помощников, буквально засыпал на ходу от усталости. А атаман со своей кипучей энергией, не ведавший, что такое отдых, наваливал все больше и больше работы. За считанные месяцы пребывания в Семипалатинске им были сформированы два новых полка пехоты и один кавалерийский, полностью укомплектован артиллерийский дивизион и развернута инженерная рота. ВРИД начальника штаба сбивался с ног, уточняя численность личного состава, постановку на довольствие, количество вооружения, боеприпасов, лошадей, пытался требовать соблюдения штатного расписания, принятого в русской императорской армии… Все просьбы создать полноценный штаб, тем не менее отвергались Анненковым. При этом атаман постоянно как бы принижал значение работы штабс-капитана, в распоряжении которого находилось всего трое писарей…