Гибель городища «Царский дворец» – одной из крепостей юго-восточного порубежья Великого княжества Литовского – вероятно, произошла после разгрома литовско-русской армии Витовта и татарского отряда Тохтамыша объединенными силами Тимур-Кутлуга и Едигея 12 августа 1399 г. в битве на Ворскле. Преследуя остатки побежденной армии Витовта, монгольские отряды рассеялись по всем землям литовско-русского порубежья, грабя города и селения. Несомненно, среди этих разоренных земель находился и Курский край. Не исключено, что именно тогда был взят штурмом и сожжен замок на р. Псёл.
Как было отмечено, во второй половине XIV в. курские земли вошли в состав Великого княжества Литовского, сохранив прежнюю ордынскую монетно-денежную систему. Часть выходцев из Орды основала в составе княжества автономное политическое образование – Яголдаеву тьму, просуществовавшую с конца XIV – 1-й половины XV в. до начала XVI в. Административный центр этой автономии, т. н. «Еголдаево городище», известен по документам конца XVI–XVII вв., но археологические исследования не проведены до сих пор.
Сведения о жизни мусульманского населения в постордынский период и вплоть до XIX в. очень скудны. Известно лишь о несении военной службы многочисленными отрядами служилых татар в пограничных гарнизонах. При этом следует отметить крайне слабую разработанность данной темы в российской историографии. Украинная служба татар в конце XV–XVI вв. зафиксирована для всех соседних регионов. Известен факт отправки в 1676 г. контингента симбирских служивых татар в г. Рыльск для участия в Русско-турецкой военной кампании; среди командированных мурз и татар были Агишевы, Байсеитовы, Биговатовы, Бурлуковы, Кичкиновы, Мустафины, Семенеевы, Урусовы, Хозины.
В XIX в. в Курске проживали отдельные ссыльные с Кавказа, в частности правители упраздненных азербайджанских ханств (в 1819–1824 гг.). Краткосрочно здесь останавливался плененный имам Шамиль (19 сентября 1859 г. в Курске и в декабре 1868 г. – в имениях А. И. Барятинского под Рыльском и под Льговом). Постоянно проживавшее в Курске мусульманское население упоминается в документах с 1865 г. В тот год в городе числилось 28 татар – по большей части нижние чины в кавалерии и частично в пехоте, а также 4 черкеса, присланных на жительство.
Судя по известным на сегодняшний день документам, мусульманская община в Курске сформировалась в 1890-х гг. Ее члены являлись постоянными жителями города и прилагали усилия для официального оформления своей религиозной деятельности. 26 апреля 1891 г. Аббас Ханбеков, домовладелец из Ямской слободы, подал прошение губернатору о разрешении провести коллективную молитву по случаю праздника Ураза-Байрам в помещении Дворянского собрания. В 1894 г. в результате ходатайства и.о. муллы Курской губернии о «бесплатном отводе места под кладбище проживающих и умирающих в Курске магометан» было образовано Татарское кладбище.
По данным переписи населения Российской империи 1897 г., в Курской губернии насчитывалось 413 мужчин и 28 женщин, исповедовавших ислам (0,02 % населения губернии). Они жили компактно в 4–5 местах города: в Ямской слободе (очевидно, это были касимовские татары, род деятельности которых указывался как «служащие буфета, мелкие торговцы»), по ул. Семеновской, Кондыревской, Почтовой и Золотой (по всей видимости, нижегородские татары – «старьевщики, мелкие торговцы, домохозяева»). Социальный статус курских мусульман был различен. Лидером мусульманской общины являлся выходец из Касимовского уезда Рязанской губернии Аббас Ханбеков – владелец гостиницы «Петроградской» в доме Лавровой на ул. Херсонской (ныне Дзержинского), д. 1. Именно в его доме проводились коллективные намазы. Кроме собственно российских мусульман в губернии проживало небольшое число выходцев из Османской Турции и Ирана. На рубеже XIX–XX вв. здесь появились постоянные муллы. В начале ХХ в. им являлся мулла Баторбаев.
Социально-политические процессы, происходившие в Российской империи в начале ХХ в. подтолкнули активность мусульман. Заметно вырастает мобильность мусульманской общины, повышаются требования к квалификации имамов. Возможно, именно с этим связано приглашение имамом в 1914 г. Камалетдина Басырова – представителя династии потомственных имамов из с. Ключищи Нижегородской губернии. Необходимость в мусульманском «духовенстве» была обусловлена и возросшим числом мусульман в городе, где с началом Первой мировой войны разместились воинские контингенты. Военные действия велись в Польше и на Украине, в Галиции, на запад перебрасывались войска, в которых служило немало мусульман. Представители местных мусульман исполняли обязанности младшего религиозного персонала. Так, Белялетдин Салахетдинов (уроженец с. Овечий Овраг, ныне Нижегородской области) был муэдзином, Бедретдин Калимуллин – «служителем культа».