Крестьяне отвернулись от Лютера в 1525 году, когда он осудил крестьянское восстание. Крестьяне слышали, как он низвергал авторитет Церкви и утверждал авторитет Писаний и право человека прямо обращаться к Богу за спасением. Они применили эти доводы к своим социальным и экономическим проблемам. Феодализм обусловил большое угнетение крестьян, и в своих «Двенадцати статьях» в 1525 году они требовали ликвидации тайных злоупотреблений, которые можно было считать противоречащими авторитету Писаний. Сначала в своем «Увещевании к миру» в апреле 1525 года Лютер призвал крестьян к спокойствию, а господ ответить на жалобы крестьянства. Когда же он осознал, что это революционное общественное движение может подорвать основание законного правительства даже в протестантских провинциях, он призвал власти в самых откровенных выражениях покончить с беспорядками в своем памфлете «Против распространения разбойничьих орд крестьянства». Властей не нужно было долго призывать к жестоким мерам, и они уничтожили примерно сто тысяч крестьян. Южногерманские крестьяне остались в католической Церкви отчасти из-за этой явной измены Лютера.
Другие посчитали, что отказ Лютера от монашеской клятвы, когда он вступил в брак с бывшей монахиней Катериной фон Бора в 1525 году, был неоправданно резким разрывом с прошлым. Лютер, однако, всегда чувствовал, что он поступил правильно, и испытывал удовольствие от своей семейной жизни. Его шестеро детей и многочисленные студенты так заполняли его дом, что его жену Кати приходилось буквально заставлять всех накормить.
К сожалению, Лютер не смог ясно увидеть свой путь и объединить усилия с Цвингли, который возглавил Реформацию в северных кантонах Швейцарии. Лютер и Цвингли встретились осенью 1529 года. Встреча известна как «Марбургская беседа», состоявшаяся в Марбургском замке Филиппа Гессы. Они согласились по четырнадцати из пятнадцати положений, но не пришли к согласию о том, каким образом Христос присутствует в элементах причащения. Цвингли утверждал, что причащение совершается в память о смерти Христа, а Лютер настаивал, что Христос истинно физически представлен в причащении, хотя вещества хлеба и вина не изменяются. «Железо остается железом, но становится темно-вишневого цвета, когда его нагревают, точно так же, — утверждал он, — вещество хлеба и вина не изменяется, но помимо и сверх символического наблюдается истинное физическое присутствие Христа».
События в Германии принудили Лютера развить церковную организацию и литургию, приемлемую для его последователей. На рейхстаге в Шпеере в 1526 году последователи Лютера из правящих кругов смогли убедить рейхстаг принять решение, что, пока не соберется всеобщий собор, правитель каждого государства должен быть вправе следовать вере, которую он считает правильной. Принцип cuius regio eius religio — «чья власть — того и религия» был принят на время. Это решение и последующий быстрый рост лютеранского движения можно объяснить тем, что император Карл V старался не дать своему французскому врагу Франциску I подчинить себе Италию в течении 1520-годов, угрозой турок с востока и отсутствием на рейхстаге многих германских князей, исповедующих католичество.
Второй рейхстаг в Шпеере в 1529 году отменил решение предыдущего рейхстага и объявил, что Римская католическая вера является единственно законной. Шесть правящих последователей Лютера и представители четырнадцати свободных городов зачитали «Протест», и с того времени они стали известны как протестанты в кругах их противников. Таково происхождение слова «протестант».
В 1530 году состоялся рейхстаг в Аугсбурге. Меланхтон с согласия Лютера представил там «Аугсбургское исповедание». Оно стало официальным символом веры лютеранской церкви. Это было первое из нескольких символов веры, которые были созданы в период 1517–1648 годов, великий период развития протестантских символов веры. Ему соответствует период 325–451 годов, когда развивались экуменические символы веры в Церкви — например, Никейский. Лишь семь из двадцати девяти статей являлись отказом от религиозных злоупотреблений. Оставшиеся статьи были позитивными утверждениями лютеранской веры. Лютер составил «Немецкую мессу» и «Порядок службы» в 1526 году. Лютер также составил «Краткий катехизис» в 1529 году как полное утверждение десяти заповедей, апостольского символа веры, молитвы «Отче наш» и других составных частей богословия и литургии. Виттенбергский факультет в 1535 году начал принимать экзамены и назначать кандидатов в служители. Лютеранское движение затем быстро разрасталось в северной Германии, несмотря на вооруженную оппозицию императора и католических князей.
4. Эпоха германских религиозных войн и территориальная церковная организация (1531–1555)