3. Римская Церковь имела два орудия принуждения, подкреплявших пропаганду иезуитов, — инквизицию и «Индекс». Инквизиция возникла в борьбе против альбигойцев на юге Франции в начале XIII века. Она обосновалась в Испании с согласия папы в 1480 году, чтобы бороться там с ересями. Под руководством Томаса Торквемады (1420–1498) было казнено десять тысяч человек, и при Ксимене погибло около двух тысяч. По настоянию Караффы римская инквизиция была провозглашена в папской булле Павла III в 1542 году как инструмент борьбы с ересями где бы то ни было, а упразднили инквизицию только в 1854 году. Обвинявшиеся считались преступниками до тех пор, пока им не удавалась доказать свою невиновность. Они никогда не встречались со своими обвинителями. Их можно было заставить свидетельствовать против себя и подвергать пыткам, чтобы получить признание. Если их признавали виновными, то их наказывали лишением имущества, тюремным заключением или сожжением на костре при условии, что ни не каялись и не отказывались от прежних взглядов. Эти наказания исполнялись светскими властями под бдительным надзором инквизиторов.
4. Развитие книгопечатания в середине XV века помогло протестантам распространять свои идеи. Чтобы как-то противостоять этому, Римская Церковь разработала «Индекс», список книг, которые не разрешалось читать верующим. Будучи уже папой Павлом IV, Караффа выпустил первый римский «Индекс запрещенных книг» в 1559 году. В этот список входили книги Эразма Роттердамского и некоторые протестантские издания Библии. В 1571 году папой римским была создана специальная Конгрегация «Индекса», в задачи которой входило приводить этот список в соответствие с требованиями времени. «Индекс» не давал многим католикам возможности читать протестантскую литературу, и инквизиция вынуждала многих отрекаться от своих протестантских взглядов. «Индекс» был упразднен в 1966 году.
5. Павел III, казалось, видел потребность преобразований в Римской Церкви более чем кто-либо другой, поскольку именно он утвердил орден иезуитов в 1540 году, начал римскую инквизицию в 1542 году, а в 1544 году издал буллу, которой созывался Тридентский собор. Собор открылся 13 декабря 1545 года и продолжался с длительными перерывами, когда не было совещаний, по 4 декабря 1563 года. Собору не разрешалось распространять власть своих решений на папу римского. Голосование проводилось по голосам, а не по нациям, как было на соборе в Констанце. Количество итальянцев всегда равнялось примерно семи четвертым присутствующих. Таким образом папству и итальянской иерархии было обеспечено большинство. Павел хотел рассмотреть вероучение Римской Церкви, устранить церковные злоупотребления и обдумать возможность крестового похода против неверных. Хотя окончательные декреты подписали 255 духовных служителей, на большинстве из 25 совещаний редко когда присутствовало более 75 человек.
Первые серии совещаний с 1545 по 1547 год были посвящены различным вопросам вероучения. Собор объявил, что не только Библия, но канонические Писания, апокрифы Вульгаты Иеронима, а также предания Церкви имеют окончательный авторитет для верующих. Обсуждение оправдания по вере закончилось решением, что человек оправдывается верой и последующим служением, а не только верой. На соборе было подтверждены семь таинств и были сформулированы декреты о реформе в связи с церковными злоупотреблениями.
В течение следующей серии сессий с 1551 по 1552 год был подтвержден догмат о пресуществлении и были сформулированы дальнейшие решения о реформе. С 1562 по 1563 год состоялись окончательные серии заседаний, которые были посвящены детальному обсуждению таинств, правил семейной жизни, декретов, связанных с чистилищем, и различных вопросов реформы. Власть папы над собором проявилась в том, что собор попросил папу утвердить его решения в папской булле. Следующая папская булла, изданная в 1564 году, содержала обобщение вероисповедания, сформулированного Тридентским собором. Она известна как «Тридентское исповедание веры». Все католическое духовенство и учителя должны были подписываться под нею, равно как и обращенные в веру из протестантизма. Человек, подписывающийся под ней, должен клясться в «истиной покорности папе».
Значение собора заключалось в преобразовании средневекового мистического богословия в авторитетную догму, распространившуюся на всех верующих. Собор указал, что невозможно никакое примирение с протестантизмом, поскольку протестанты не поставят авторитет преданий наравне с Писаниями. Собор, однако, способствовал повышению моральных норм среди духовенства путем реформ. Он открыл семинарии для обучения служителей, содействовал появлению Римского катехизиса 1566 года и утвердил авторитетным переводом Библии Вульгату. Он означил окончательное поражение консилиаризма (теории соборности) и триумф курии, или папского абсолютизма.