Орден цистерцианцев был основан в Сито во Франции в 1098 году бенедиктинским монахом по имени Роберт, который хотел покончить с отсутствием дисциплины в монашестве того времени. Монахи-цистерцианцы отличались от монахов Клюни тем, что большое значение придавали аскетическому самоотречению, простоте архитектуры зданий, централизованной организации. Аббаты дочерних монастырей встречались с аббатом в Сито на ежегодных ассамблеях и обсуждали проблемы ордена. Хотя аббат в Сито имел власть над другими монастырями, он не пользовался властью аббата Клюни, но был лишь председателем на ежегодном собрании аббатов. Если монахи Клюни были в основном аристократического происхождения, то орден цистерцианцев был более привлекателен для крестьян. Цистерцианцы больше внимания уделяли сельскому хозяйству, чем научным исследованиям. Их программа реформ стала пользоваться такой популярностью, что к 1200 году орден включал в себя 530 монастырей и с этой точки зрения быстро рос. Он внес свежий дух в разлагающееся монашество.
Большую часть славы эта организация получила благодаря усилиям Бернарда (1090–1153) из монастыря в Клерво. Он имел знатное происхождение и многим был обязан своей матери Алетте. Он основал монастырь в Клерво в 1115 году, когда ему было 25 лет, и с помощью 30 соратников и пяти своих братьев смог сделать его одним из самых известных центров ордена цистерцианцев. Хотя Бернард Клервосский был смиренным и склонялся к мистицизму, он тем не менее обладал рассудительностью и храбростью. В период расцвета его деятельности в Клерво его совета слушались не только короли, но и папа римский. Проповеди Бернанда Клервосского, в которых он осуждал нападения мусульман на паломников в Палестине и осквернение святых мест, во многом вдохновили II Крестовый поход. Его великолепная способность к гомилетике и умение разбираться в мистицизме отражается в сочинении «Увещевание о песне Соломона». Его мистические склонности привели к созданию таких великих гимнов, как «Иисус, Ты — радость любящих сердец» и «Мысль об Иисусе». Он был далеко не последним богословом, и когда рационалистические взгляды Абеляра начали подрывать основы теологии, Бернард выступил на защиту ортодоксии. Его умственные, мистические, ораторские и практические способности сделали его духовным главой и вторым основателем ордена цистерцианцев, а также авторитетом в Церкви и государствах средневековой Европы.
Крестовые походы привели к возникновению военного типа монашества, в котором искусство ведения войны сочеталось с аскетичной жизнью. Орден рыцарей святого Иоанна, или орден госпитальеров, был основан в начале XII века, чтобы защищать паломников и заботиться о больных. В начальный период своей истории этот орден был средневековым эквивалентом современного Красного Креста. Монахи давали тройственный обед (воздержания, послушания, нестяжательства), но не отказывались от оружия. Фактически в более позднее время орден стал чисто рыцарской организацией, которая защищала Священную Землю от язычников. Рыцари-тамплиеры, или храмовники, которые называются так по имени их центра, размещавшегося около храма в Иерусалиме (лат. Templum — «храм»), объединились в орден в 1118 году. Официально орден был признан в 1128 году и принял устав цистерцианцев в 1130 году. Его целью была прежде всего защита Священной Земли от нападения мусульман. В 1312 году орден распался, потому что плохо учитывал политику Франции. Эти два ордена представляли находящуюся в боевой готовности армию рыцарей-монахов, подчинявшуюся одному папству и превозносившую выше всего его интересы.
Братства представляют еще один тип реформистского монашества XII века. Члены братств давали клятву в бедности, целомудрии и послушании, как и монахи, но вместо того чтобы удаляться в монастыри молиться и трудиться за пределами светского мира, они шли к людям в города, помогали им и проповедовали на их родном языке. Монастыри являлись собственниками, и монахи поддерживали свою жизнь работой, в то время как братья жили исключительно на пожертвования людей или милостыню. Они находились в более прямой зависимости от папы римского, чем монашеские ордена до XII века.