В 1976 году Губенко приступил к работе над третьим самостоятельным фильмом. На этот раз это была автобиографическая киноповесть «Подранки» — о детдомовцах послевоенной поры. Губенко в этом фильме сыграл роль одного из воспитателей по фамилии Криворучко (помните, человек с этой фамилией писал характеристику на детдомовца Губенко).
«Подранки», безусловно, является лучшей режиссерской работой в биографии Губенко. Он выразил такую любовь к детям военной поры, что во время демонстраций этого фильма в кинотеатрах многие зрители не в силах были удержаться от слез (фильм занял в прокате 19-е место, собрав 20, 3 млн. зрителей). Фильм собрал массу призов на кинофестивалях: в Чикаго (1977), в Ереване (ВКФ-78), в Сантарене (1978), в Тегеране (1978).
В 80-е годы Губенко снял еще два фильма: «Из жизни отдыхающих» (1981) и «И жизнь, и слезы, и любовь» (1984; приз и диплом на XVIII Всесоюзном кинофестивале, премия за лучшую режиссуру на Международном фестивале кино, телевидения и видеофильмов в Рио-де-Жанейро).
В 1985 году Николай Губенко и Жанна Болотова были удостоены званий народных артистов РСФСР.
В том же десятилетии Губенко вернулся на театральные подмостки — в Театр на Таганке. Это было глубоко символично. Когда он ушел из этого театра в 1968 году, все его роли перешли к Высоцкому. Но в июле 1980 года Высоцкий умер, и Любимов посчитал возможным, чтобы Губенко вернулся в родной коллектив на место безвременно ушедшего премьера. Губенко буквально с ходу вошел в новый спектакль «Владимир Высоцкий», в котором участвовала вся труппа театра. Однако спектакль удалось показать всего лишь дважды — 27–28 июля 1981 года, после чего приказом Министерства культуры СССР он был запрещен к демонстрации.
В декабре следующего года на Таганке состоялась премьера спектакля «Борис Годунов», где Губенко играл царя Бориса. Как писал А. Гершкович:
«Самая большая неожиданность в спектакле — царь Борис, которого играл Николай Губенко, актер глубокий и внутренне собранный. Образ Годунова претерпел в спектакле существенные изменения и вышел за рамки хрестоматийной трактовки царя-убийцы, испытывающего муки совести. Губенко в Годунове создавал сложный и противоречивый характер. В татарском стеганом халате, он с азиатской самоуверенностью наводил порядок на Руси, держа ее в страхе, а в результате сам пал жертвой дворцовых интриг, пожиная плоды посеянного им беззакония. В известной мере Годунов в спектакле Любимова превращался в страдательную фигуру, особенно в самом финале, когда артист Губенко после гибели своего героя представал перед зрителем в ином качестве, выступая как бы от имени театра и автора…
В финале, после убийства детей Бориса, смешанный хор медленно наступал на зрительный зал и замирал в ужасе перед самой кромкой помоста. Немая сцена. На зрителя в упор глядят расширенные остекленевшие глаза. Полураскрытые рты, застывшие в немом крике лица-маски.
В этот момент из бокового прохода зала появлялся Годунов. Теперь Губенко одет в свой обычный московский костюм. Ничем не отличаясь от сидящих в зале, он не спеша поднимается на сцену и обращается к зрителям почти без укора, без особой надежды услышать ответ:
— Что же вы молчите? Кричите — да здравствует…
Народ в зале безмолвствовал.
В растерянности молчал на сцене и хор. Но через мгновение, подчиняясь ритму драмы, прерывал молчание и запевал «Вечную память» по всем невинно убиенным.
Таким двойным финалом, вычитанным у Пушкина, заканчивал Любимов спектакль…»
Естественно, что подобного рода «крамолу» власть не могла оставить без внимания. В итоге «Борис Годунов» был запрещен к показу распоряжением Министерства культуры СССР.