28 июня – первая бомбежка канала. Атаке подверглись шлюзы № 6, 7, 8 и 9. На следующий день, 29 июня, с территории Финляндии против СССР началось совместное наступление финских и германских войск. Бомбардировками Повенчанской лестницы шлюзов удалось прервать движение по Беломорско-Балтийскому каналу только временно – с 28 июня по 6 августа и с 13 по 24 августа 1941 года.
28 августа произошла пятая и последняя в навигацию 1941 года бомбежка канала. Атакован шлюз № 7. Никаких повреждений не обнаружено. В августе Управление ББК и техучастков было эвакуировано из Медвежьегорска в Беломорск, на шлюз № 19. Из 800 работников на канале остались 80. Остальные – в эвакуации.
В ноябре караван пассажирских судов с эвакуированными семьями водников Повенца и жителями окрестных деревень, а также оборудованием вмерз в лед Выгозера. В ночь с 12 на 13 ноября 1941 года вмерз в лед Заонежского залива в районе Мегострова другой караван судов. Он был захвачен частями финской армии. 5 декабря 1941 года части финской армии вошли в Медвежьегорск.
6 декабря при температуре -37 °C части финской армии захватили Повенец, тем самым прекратив сообщение и по Беломорско-Балтийскому каналу. В тот же день, 6 декабря, советские войска приступили к реализации плана вывода из эксплуатации гидросооружений ББК. Первым был взорван шлюз № 1. В ту же ночь последовательно были взорваны и остальные гидросооружения. В 3 часа 30 минут взлетели на воздух шлюзы № 2,3 и 4, следом приканальная дамба шлюза № 4 и шлюз № 5. Днем 7 декабря, в 14 часов, был взорван шлюз № 6. 8 декабря, в 6 часов 25 минут, взорвана плотина № 20.
При этом в районе шлюзов шли ожесточенные бои. После 8 декабря финские войска прорвались через ББК и заняли деревню Габсельга. Военный совет Карельского фронта снял с поста командующего Медвежьгорской группировкой войск М. С. Князева, который не видел иного развития событий как только в отступлении. Командующий Карельским фронтом В. А. Фролов приказал войскам немедленно перейти в контратаку и очистить восточный берег Беломорско-Балтийского канала от войск противника. Задача была выполнена. До 11 декабря финны ожесточенными атаками пытались пробиться через канал в районе Повенца, а затем выше, в районе шлюза № 7, но везде были отброшены.
11 декабря, только после ухода всех частей Красной армии, советские подрывники взорвали шлюз № 7. Гидроузлы Повенчанской лестницы (первые 9 шлюзов ББК, поднимающиеся на водораздел к северу от Повенца) были разрушены, вода из водораздельного бьефа свободно сливалась в Онежское озеро через поселок Повенец, который был практически уничтожен потоком. Фарватер Беломорско-Балтийского канала стал линией фронта, нейтральной полосой. Финские войска остановились на линии канала (на его западном берегу), и занимали эти позиции до июня 1944 года.
За время войны канал как стратегически важный объект претерпел разрушения: южная его часть была полностью уничтожена. Также сильно пострадали инфраструктура канала (в частности маяки) и поселок Повенец.
После завершения войны поврежденные объекты были восстановлены и канал был вновь введен в строй в июле 1946 г. Сквозное судоходство на всем протяжении канала было восстановлено 28 июля 1946 г.
В 1950-х годах, после того, как 2 февраля 1950 года было принято Постановление Совета Министров РСФСР о капитальном ремонте и реконструкции гидросооружений ББК, начались работы по постепенной электрификации сооружений и механизмов канала. В 1953 году в штат гидроузлов были включены электрики, к 1957 году в основном были завершены работы по электрификации гидроузлов на северном склоне канала, а в 1959 году все береговые и плавучие обстановочные огни были переведены на электропитание.
Значение Беломорско-Балтийского канала особенно возросло после ввода в эксплуатацию современного Волго-Балтийского водного пути в 1964 году. Пропускная способность канала и фактический объем грузоперевозок возросли в несколько раз[46].
В 1970-х годах была проведена еще одна реконструкция канала. В ходе этой реконструкции гарантированная глубина судового хода была доведена до четырех метров, и канал стал частью Единой глубоководной системы европейской части РСФСР.
Транспортный путь Беломорско-Балтийского канала имеет протяженность в 227 км с подходными каналами от Онежского озера до Белого моря, из них 37,1 км составляют искусственные пути (по другим источникам 43 км или 48 км).
Условным направлением течения считается направление от Онежского озера к Белому морю, все навигационные знаки (буи, маяки) оборудованы в соответствии с этим правилом.