В январе 1644 года шотландцы пересекли Твид и осадили армию маркиза Ньюкасла в Ньюкасле-на-Тайне. Но зимой было сложно проводить осаду, к тому же роялисты под командованием сэра Мармадьюка Ленгдейла нанесли 19 февраля шотландцам у Корбриджа чувствительный удар. Лесли понял, что его необученная конница не сможет противостоять закаленной в боях роялистской кавалерии. Оставив Ньюкасл-на-Тайне в руках роялистов, он, преследуемый ими по пятам, двинулся на юг. Дважды противники вступали в бой, но оба раза там, где невозможно было развернуть конницу. После этого войска короля отступили к Дарему.
12 апреля Ньюкасл получил известие, что губернатор Йорка Джон Беллсайз потерпел поражение от Томаса Ферфакса, и решил добраться до города прежде, чем парламентские силы сокрушат ослабленный гарнизон. К середине апреля части Ньюкасла с большими потерями подошли к Йорку и стали ждать принца Руперта, официально назначенного командующим армией на севере Англии через три дня после того, как шотландцы появились под стенами Ньюкасла-на-Тайне.
28 мая армия Руперта взяла штурмом Болтон, встретивший роялистов пушечным огнем, и перебила его гарнизон, а также многих местных жителей. Это был «законный» принцип ведения военных действий того времени: гарнизон и население города, отклонившие предложение о капитуляции, утрачивали право на милосердие. Однако «Болтонская резня» стала главным пунктом парламентской пропаганды, стремившейся создать Руперту репутацию бессердечного наемника.
3 июня с подходом армии Восточной ассоциации окружение Йорка завершилось, и обеспокоенный Карл, полагая, что гарнизон оказался в критическом положении, написал Руперту, чтобы тот незамедлительно шел освобождать город. Принц двинулся с армией, которую собрал в Ланкашире, через Пеннинские горы в Йоркшир. Известие о том, что армия Руперта находится на расстоянии одного дня марша от Йорка, заставило командующих силами парламента снять осаду. «Круглоголовые» и шотландцы развернулись на холмах примерно в восьми километрах к юго-западу от Йорка, прямо на пути, по которому двигалась армия Руперта. Руперт не имел возможности достигнуть Йорка, не вступив в бой с союзными войсками. Йоркский гарнизон не мог присоединиться к Руперту по тем же самым причинам.
Ньюкасл настаивал на том, чтобы дать солдатам отдых прежде, чем предпринимать дальнейшие действия. Но кампания Руперта, помимо деблокады Йорка, имела и другие цели. До конца сезона, когда можно было вести военные действия, оставалось несколько месяцев, и Руперт не собирался тратить их впустую. Его подстегивало письмо короля от 14 июня, в котором Карл высказывал опасение, что его Оксфордская армия может оказаться зажатой между двумя парламентскими армиями: «Если Йорк будет освобожден и Вы разобьете армию мятежников обоих королевств, которые стоят перед Вами, тогда (но не иначе) я могу рискнуть организовать оборону, чтобы выиграть время, пока Вы прибудете ко мне на помощь. Поэтому я приказываю и заклинаю Вас долгом и привязанностью, которую, как я знаю, Вы питаете ко мне, отложить все новые предприятия и немедленно идти, согласно Вашему первому намерению, со всеми Вашими войсками на освобождение Йорка. Но если город будет или потерян, или сам снимет осаду, или же Вы не будете уверены в дальнейшем развитии ситуации, немедленно идите со всей своей армией в Вустер, чтобы помочь мне и моей армии; без этого, или без того, что Вы освободите Йорк и разобьете шотландцев, все Ваши следующие успехи могут быть совершенно для меня бесполезными».
Чем бы ни было это письмо — наброском планов или косвенной инструкцией, апеллировавшей к воинственности Руперта, оно написано в то время, когда король и его совет полагали, что для них существует реальная угроза неизбежного поражения. Позже станет ясно, что паника была излишней, но Руперт полагал, что получил приказ как можно скорее разгромить шотландцев и их союзников.
Около полудня 1 июля Ньюкасла известили, что Руперт намерен дать бой на следующий день и желает, чтобы армия маркиза присоединилась к нему у местечка Марстон-Мур в одиннадцати километрах западнее Йорка (Марстонская пустошь). Однако солдаты Ньюкасла обнаружили, что на оставленных противником позициях у города осталось большое количество ценного имущества, и занялись грабежом. В итоге вместо 4 часов утра маркиз появился около 9 часов, и то только с конницей. Это была первая встреча двух командующих армиями короля. Ньюкасл, опираясь на данные разведки, полагал, что парламентские армии не представляют особой угрозы и собираются свернуть кампанию. Но принц Руперт возразил, что «у него есть письмо от Его Величества… с конкретным и абсолютно четким приказом вступить в бой с противником». И у маркиза не оставалось выбора, кроме как согласиться с принцем.