Ошибочность этого решения для партийных вождей стала очевидна уже через несколько месяцев. В результате такой реорганизации они потеряли один из важнейших каналов контроля за стержневым государственным институтом — армией и флотом — и одновременно лишились объективного источника информации об истинном положении в войсках. В тот период в высшие партийные инстанции от командования, в основном, поступали бравурные доклады:
Так долго продолжаться не могло. Война стучалась в ворота СССР. Оперативная обстановка, особенно на западных границах, стремительно осложнялась и требовала пересмотра принятого решения в отношении военной контрразведки и внесения корректив в ее работу. Спустя два месяца после февральского постановления правительства, 19 апреля 1941 г. было принято новое совместное Постановление ЦК ВКП(б) и СНК СССР о 3-х управлениях НКО и НКВМФ — военной контрразведке.
В нем констатировалось следующее:
И опять-таки это решение было половинчатым и не способствовало боеготовности военной контрразведки. Она по— прежнему находилась в составе армии и флота и подчинялась командирам. Ввод в штат Третьих управлений в Центре и на местах: округах, флотах и флотилиях, армиях и корпусах, дивизиях, укрепленных районах и гарнизонах — должностей заместителей начальников 3-х управлений, отделов и отделений с непосредственным их подчинением соответствующим НКГБ и УНКГБ по территориальности, разве что добавил трений между двумя ведомствами — армией и госбезопасностью и существенно не повлиял результативность работы военной контрразведки. Она по-прежнему действовала вне общей системы государственной безопасности. Окончательно все на свои места поставила начавшаяся вскоре война.
17 июля 1941 г. Верховный Главнокомандующий И. Сталин подписал постановление ГКО СССР «О преобразовании органов 3-го управления НКО СССР в Особые отделы НКВД СССР». Военная контрразведка вновь была возвращена в общую систему государственной безопасности. Их главными задачами стали
Тем временем, в Германии все происходило с точностью наоборот. Ее спецслужбы, в частности, абвер, активно наращивал свои силы и готовился к схватке на Востоке. После принятия Гитлером в декабре 1940 г. политического, а затем и военного решения о нападении на Советский Союз, 18.12.1940 г. — директивы Верховного главнокомандования № 21 (план «Барбаросса»), центр тяжести разведывательной и диверсионно-повстанческой деятельности абвера переместился к его границам.
Исходя из стратегического замысла плана «Барбаросса» руководители абвера: адмирал В. Канарис, генерал-лейтенант Ф. Бентивенья, адмирал Л. Бюркнер, генерал-майор Г. Остер, полковник Г. Пиккенброк, полковник Э. Лахузен активизировали оперативно-тактическую разведку и масштабную подготовку диверсионно-повстанческих подразделений в западных районах Советского Союза.
После завершения военных компаний в Югославии и Греции, Германия (ее армия и спецслужбы) занялась завершением подготовки к броску на Восток. В Берлине не испытывали ни малейших сомнений в том, что «колосс на глиняных» — большевистская Россия — не устоит перед сокрушительным ударом вермахта и в рухнет за несколько месяцев.