Вторую по частоте группу заболеваний, согласно антропологическому материалу, составляли болезни зубов и челюстей. Среди них доминировали абсцессы корней, альвеолярная пиоррея и связанная с этим предсмертная потеря зубов. Важной причиной этого, по крайней мере в преддинастическую и раннединастическую эпоху, было сильное стирание зубов, создававшее благоприятные условия для инфекций. Стирание зубов наблюдалось у египтян в связи с питанием хлебом с примесями песка, в ходе древнеегипетской истории размеры стирания уменьшаются, что может служить указанием на изменение питания или улучшение практики выпекания хлеба. Это соответствует и увеличение частоты кариоза с додинастической до птолемеевской эпохи, хотя колебания частотности в полях захоронений весьма велики. Здесь играли свою роль как социально-экономическое окружение (сельское поселение или городской центр), так и социальный строй. В эпоху Старого царства кариез был болезнью высших слоев населения и распространился среди простого народа лишь в птолемеевскую эпоху. Таким образом, в династическую эпоху кариез не был важным фактором заболеваемости, в отличие от стирания зубов.
К наиболее частым заболеваниям, согласно находкам скелетов, относились воспалительные изменения костей, современное клиническое деление которых на периостит, остит и остеомиелит на основе имеющегося антропологического материала навряд ли возможно. В 14 из 92 исследованных Уэльсом берцовых костей (в музеях) содержались значительные периостные изменения (15,2 %). Этиологически невозможно провести различие между травмой и инфекцией. Сравнение переломов берцовых костей и уровня воспаления костей с соответствующим средневековым крестьянским коллективом дал для Египта сравнимое количество воспалений при более низком уровне переломов. О частотности переломов костей сохранились противоречивые материалы. Хотя, как утверждают Эллиот Смит и Вуд Джоунс, количество переломов в группе 6000 скелетов было ниже 3 % (160 переломов), почти все исследователи согласны, что переломы «весьма часто» встречаются в антропологических находках, при этом, однако, часто речь шла о постмортальных переломах костей. Переломы посткраниального скелета, согласно Смиту и Джоунсу, делились так: предплечье 31 %, ключица 14 %, бедренная кость 12 %), нижнее бедро 10 %, плечевая кость 7 %), ребра 6 % и таз — 4 %.
Мастоидит, возникший из воспаления среднего уха, Эллиот Смит и Доусон считали "частым" заболеванием, хотя оно встречается лишь в 6 из 10000 исследованных случаев. Эти случаи дополняются находкой мумии PUM II с перфорацией барабанной перепонки после воспаления среднего уха.
Лишь отдельные находки свидетельствуют о воспалениях костей. Эллиот Смит и Доусон смогли на своем материале идентифицировать лишь 3 остеосаркомы или остеохондромы. Находки мягких частей свидетельствуют, что неопластические заболевания не были столь частыми. Известен лишь один случай оварной карциномы. Антропологическое исследование мягких частей мумий, позволяющее сделать теоретические высказывания об избранной группе зажиточных египтян из высокого общественного слоя, ввиду методических трудностей исчерпывается отдельными находками без большой выразительной силы.
Были обнаружены отдельные воспалительные изменения легких и плевры, но они могли образоваться и постмортально, а также один случай песчаного пневмониоза, но он не имел значимости в качестве заболевания. Наблюдаемый в некоторых легких антракоз этиологически спорен. О заболеваниях пищеварительного тракта, которые хуже всего поддаются консервации, нам ничего не известно. Желчные камни были найдены лишь в двух случаях. Женщина из птолемеевской эпохи проявила признаки хронического воспаления слепой кишки, а две мумии римской эпохи проявляют ректальный пролапс или инфантильный мегаколон. Материал о почках не намного обильнее. В некоторых случаях были обнаружены камни в почках и мочевом пузыре. Одна женщина 21 династии, вероятно, страдала пиелонефритом, в другом случае обнаружены абсцессы почек.
На основе этих находок оценки честотности невозможны. Лишь заболевания сосудов встречаются в антропологических находках с большим постоянством. Артериосклеротические изменения в мумиях фараонов были установлены уже Чермаком (1852), Шаттоком (1909) и Эллиотом Смитом (1912). Помимо этих отдельных находок, радиологические исследования мумий указывают на «коллективные» изменения сосудов в большом объеме. Раффер, исследовавший большую часть кровеносных сосудов мумий 19–23 дин. гистологически, констатировал, что лишь немногие из исследованных артерий были непораженными и что изменения сосудов у древних египтян наступали уже в молодом возрасте.