Одна из самых сложных проблем, касающихся истории изучаемой цивилизации, — проблема ее «гибели», хотя правильней было бы говорить о запустении главных центров на Инде, поскольку в других районах ее поселения существовали еще на протяжении длительного периода. Согласно традиционной точке зрения, закат этой культуры был вызван непосредственно «арийским нашествием», приходом в страну индоарийских по языку племен. Однако новые раскопки убедительно показали, что «процесс заката» растянулся во времени и протекал по-разному в различных регионах. Не исключено, что несколько факторов привели к ослаблению городских центров (периферия меньше ощутила их действие). Ученые называют, например, климатические условия — засоление почв, наводнения, тектонические толчки, эпидемии, но вряд ли эти явления могли оказаться определяющими для судьбы всей огромной цивилизации. Нужно подчеркнуть другое — в поздний период Хараппской культуры в главных центрах на Инде отмечаются серьезные изменения (и в градостроительстве, и в материальной культуре), ухудшается качество керамики, ослабевает муниципальный надзор, забрасываются общественные постройки. Приходит в упадок торговля, особенно внешняя. Все это, по-видимому, отражало глубокий внутренний кризис.
Судя по раскопкам, в это «смутное» и тяжелое время в хараппские города небольшими разрозненными группами начинают проникать чужеземцы — выходцы из областей Белуджистана, на что указывают материалы археологии и палеоантропологии. Возможно, пришельцы довершили падение отдельных крупных городов (в частности, Хараппы и Мохенджо-Даро), но маловероятно, что они существенно повлияли на судьбу городов и поселений Саураштры и Катхиаварского п-ова, хотя здесь это не было связано с приходом чужеземцев. Данные карбонного анализа, проведенного при раскопках в Рангпуре и Лотхале, показали, что первые признаки упадка обнаружились в Лотхале — важном центре морской торговли — еще в XIX в. до н. э.; особенно он усилился в XVIII–XVII вв. до н. э., когда прервались непосредственные контакты с городами на Инде.
Ученым еще предстоит выяснить подлинные причины «гибели» Хараппской цивилизации, но уже сейчас допустимо утверждать, что проникновение индоариев не было решающим фактором.
Материалы лингвистики, литературных памятников и археологии дают возможность локализовать создателей «Ригведы» в Пенджабе и датировать их приход в этот район концом II тысячелетия до н. э. Таким образом, между этим событием и закатом основных центров на Инде (XIX–XVII вв. до н. э.) имелся значительный хронологический разрыв. Лишь в самые последние годы в Восточном Пенджабе и Харьяне было открыто несколько поселений, где позднехараппская культура «дожила» до прихода создателей «культуры серой расписной керамики» (их соотносят с индоариями ведийской эпохи). Эти сенсационные материалы по-новому ставят вопрос о взаимоотношениях индоариев с местными субстратами (в данном случае протодравидами). В то же время длительное существование поздне- и послехараппских поселений вне зоны обитания индоариев свидетельствует о иных путях влияния хараппских традиций на духовную и материальную культуру Северной Индии.
Взаимоотношение «арийского этноса» с протодравидийскими и мундскими племенами представляется одной из ключевых проблем при изучении генезиса древнеиндийской цивилизации. Протодравидийский характер языка надписей Хараппы, как уже отмечалось, — наиболее вероятная гипотеза. В пользу этого, по мнению ученых, свидетельствует факт проживания дравидийской народности брагуи на юге современного Пакистана, а также в Афганистане и Иране. (Некоторые данные указывают на связи дравидийских языков с финно-угорскими, а также с эламским языками. Впрочем, на современном уровне развития науки приходится ограничиться лишь общими предположениями.)
В I тысячелетии до н. э. основным центром дравидийской культуры, как известно, был Юг. В связи с этим возникает вопрос об «исторических путях» распространения протодравидийского населения. Проблема «прародины» дравидов окончательно пока не решена, но лингвисты пришли к следующим выводам о времени и путях их миграции: распад протодравидийской языковой общности следует отнести к началу IV тысячелетия до н. э. (причем не исключено, что на одном из дравидийских диалектов говорила и какая-то часть среднеазиатского населения). Отделение брагуев от других дравидийских народностей наметилось, видимо, уже в IV тысячелетии до н. э., в III тысячелетии до н. э. дравиды осваивают долину Инда, в середине II тысячелетия проникают в Центральную Индию и оттуда (в конце того же тысячелетия) — в Декан. Если эти предположения, опирающиеся главным образом на глоттохронологические расчеты, верны, то допустимо считать, что дравиды (протодравиды) были создателями халколитических (энеолитических) культур Центральной и Западной Индии.