Население Чатал Хююка хоронило покойников под платформами домов и святилищ только после удаления мягких тканей — возможно, из гигиенических соображений. Мягкие ткани склевывали грифы или процесс первоначальной экскарнации проводили в легких сооружениях, построенных из тростниковых плетенок и циновок, подобных изображенным на стене святилища. Затем очищенные кости собирали, заворачивали в одежды, шкуры или циновки и погребали в домах и святилищах перед их ежегодным ремонтом. Иногда останки посыпали красной охрой и киноварью, а область шеи и лоб окрашивали синей или зеленой краской. С погребенными клали заупокойные дары: с женщинами и детьми украшения (ожерелья, ручные и ножные браслеты), мотыги или тесла из диорита, костяные шпатели и ложки, особенно если женщины были похоронены вместе с детьми. Если хоронили членов общества, занимавших более заметное положение, то клали обсидиановые зеркала, корзинки с румянами и косметические шпатели. В мужских погребениях находят навершия булав, кремневые кинжалы, обсидиановые наконечники копий, дротиков и стрел, глиняные печати, костяные крючки и петли и застежки для поясов. Ткани, деревянные сосуды и ящички обнаруживают в захоронениях представителей обоих полов, но керамика или статуэтки в могилах никогда не встречаются.
О физическом типе населения до полного исследования трудно сказать более того, что оно было долихоцефальным, стройным и тонкокостным. Большинство погребений принадлежит женщинам и детям, и кажется, что лишь немногие доживали до среднего возраста.
Статуэтки позволяют нам распознать основных божеств, которым поклонялось неолитическое население Чатал Хююка. Главным среди них была богиня в трех ипостасях: в виде молодой женщины, матери, дающей жизнь, и старой женщины, в одном случае сопровождаемой хищной птицей — возможно, грифом. Более примитивными и устрашающими являются ее полуизобразительные фигурки из сталактитов или конкреций с человеческой головой, что, возможно, подчеркивает хтонический характер богини, связанный с пещерами и подземным миром. Одна из фигур изображает двойную богиню, а группа из трех статуэток передает образы девочки, женщины и мальчика-бога, стоящих позади или сидящих на леопардах — священных животных богини. Мужское божество также часто изображается в двух ипостасях — как мальчик или юноша, сын или возлюбленный богини, либо как бог с бородой, часто сидящий на быке, посвященном ему животном. Группы фигур изображались редко. Другие божества не распознаются, но вместе со статуэтками часто находят известняковые конкреции, сталактиты из пещер и камни необычной формы.
При декорировании святилищ применяли три метода.
1) Роспись стен (часто полихромная) натуральными красками, смешанными с жиром и наносившимися кистью на прекрасную белую обмазку, встречается в X–III горизонтах, а одноцветные красные панели продолжают существовать и во II.
Эти росписи делались в религиозных целях и затем покрывались слоем белой обмазки. Часто сохранялось более одного слоя такой живописи.