Границы Египта оставлены были без защиты, и в прежних приютах иночества не было уже безопасности. В конце IV в. путь в Верхний Египет был опасен из‑за разбойников, которые могли грабить, конечно, только в стране скудной народонаселением. Тяжелые поборы с Египта, производя обеднение жителей, уменьшали и народонаселение его и вместе с тем питали и увеличивали вражду против чужеземной власти. Желание императоров назначать от себя архиепископа в Александрию пробуждало еще более эту вражду в национальной партии, находившей себе центр соединения в пастыре туземном. Ненависть к чужой власти перешла и на учение, признаваемое императорами. Последователи православного учения получили укоризненное в устах туземцев название мельхитов. Египтяне избрали своего патриарха; суровые меры, которыми императоры думали утверждать свою власть в Египте, усиливали взаимное раздражение. Монастыри разорялись то тою, то другою партиею; о поддержании просвещения при этой борьбе нечего было думать. Феофилакт Симокатта писал при Маврикие, что Египет покрыла туга невежества. Туземцы приняли в 618 г. персов как избавителей и потом помогали в 641 г. аравитянам завоевать Египет. На месте древних знаменитых обителей теперь едва можно встретить только развалины, где обитает несколько иноков–коптов.